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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t4x | |||||||||
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タイトル | AKT1 K+ channel from A. thaliana in MSP2N2 lipid nanodisc | |||||||||
![]() | Potassium channel AKT1 | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / K+ channel / ion channel / hyperpolarization-activated channel / voltage-gated channel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() root hair elongation / regulation of stomatal closure / response to water deprivation / inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / response to salt stress / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Dickinson, M.S. / Pourmal, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Symmetry Reduction in a Hyperpolarization-Activated Homotetrameric Ion Channel. 著者: Miles Sasha Dickinson / Sergei Pourmal / Meghna Gupta / Maxine Bi / Robert M Stroud / ![]() 要旨: Plants obtain nutrients from the soil via transmembrane transporters and channels in their root hairs, from which ions radially transport in toward the xylem for distribution across the plant body. ...Plants obtain nutrients from the soil via transmembrane transporters and channels in their root hairs, from which ions radially transport in toward the xylem for distribution across the plant body. We determined structures of the hyperpolarization-activated channel AKT1 from , which mediates K uptake from the soil into plant roots. These structures of AtAKT1 embedded in lipid nanodiscs show that the channel undergoes a reduction of C4 to C2 symmetry, possibly to regulate its electrical activation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 623.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 511.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97109.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AKT1, At2g26650, F18A8.2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Homotetramer of AKT1 subunits / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.96989 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Homotetramer of AKT1 subunits in MSP2N2 lipid nanodisc | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4660 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1487609 | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81658 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT |