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万見
- PDB-7q21: III2-IV2 respiratory supercomplex from Corynebacterium glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q21
タイトルIII2-IV2 respiratory supercomplex from Corynebacterium glutamicum
要素
  • (Co-purified unknown peptide built as polyALA ...) x 2
  • (Cytochrome bc1 complex cytochrome ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 3
  • (Uncharacterized ...) x 2
  • Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)
  • Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA (AscD)
  • Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 4
  • Hypothetical membrane protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / CRYO-EM / RESPIRATORY SUPERCOMPLEX / ACTINOBACTERIA
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / QcrA subunit, N-terminal / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / QcrA subunit, N-terminal / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PH / Chem-9XX / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-AS / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 ...Chem-7PH / Chem-9XX / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-AS / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 / PALMITIC ACID / TRIDECANE / DOCOSANE / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211 / Uncharacterized protein / Hypothetical membrane protein / Cytochrome c oxidase subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kovalova, T. / Moe, A. / Krol, S. / Yanofsky, D.J. / Bott, M. / Sjostrand, D. / Rubinstein, J.L. / Hogbom, M. / Brzezinski, P.
資金援助 カナダ, 4件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation カナダ
Swedish Research Council カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: The respiratory supercomplex from C. glutamicum.
著者: Agnes Moe / Terezia Kovalova / Sylwia Król / David J Yanofsky / Michael Bott / Dan Sjöstrand / John L Rubinstein / Martin Högbom / Peter Brzezinski /
要旨: Corynebacterium glutamicum is a preferentially aerobic gram-positive bacterium belonging to the phylum Actinobacteria, which also includes the pathogen Mycobacterium tuberculosis. In these bacteria, ...Corynebacterium glutamicum is a preferentially aerobic gram-positive bacterium belonging to the phylum Actinobacteria, which also includes the pathogen Mycobacterium tuberculosis. In these bacteria, respiratory complexes III and IV form a CIIICIV supercomplex that catalyzes oxidation of menaquinol and reduction of dioxygen to water. We isolated the C. glutamicum supercomplex and used cryo-EM to determine its structure at 2.9 Å resolution. The structure shows a central CIII dimer flanked by a CIV on two sides. A menaquinone is bound in each of the Q and Q sites in each CIII and an additional menaquinone is positioned ∼14 Å from heme b. A di-heme cyt. cc subunit electronically connects each CIII with an adjacent CIV, with the Rieske iron-sulfur protein positioned with the iron near heme b. Multiple subunits interact to form a convoluted sub-structure at the cytoplasmic side of the supercomplex, which defines a path for proton transfer into CIV.
履歴
登録2021年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13777
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA (AscD)
E: Cytochrome c oxidase subunit 3
H: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211
F: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
G: Cytochrome c oxidase subunit 2
D: Cytochrome c oxidase subunit 1
A: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
L: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949
B: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
C: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
y: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA (AscD)
e: Cytochrome c oxidase subunit 3
h: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211
f: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
g: Cytochrome c oxidase subunit 2
d: Cytochrome c oxidase subunit 1
a: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
l: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949
b: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
c: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
X: Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE)
x: Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE)
V: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)
v: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)
K: Hypothetical membrane protein
k: Hypothetical membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)735,452118
ポリマ－680,96526
非ポリマー54,48792
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, gel filtration, mass spectrometry, native gel electrophoresis, microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 5種, 10分子 YyFfAaVvKk

#1: タンパク質 Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA (AscD)


分子量: 8188.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome aa3 subunit 4 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 15557.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: ctaF, Cgl2194, cg2408
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NNK3, cytochrome-c oxidase
#7: タンパク質 Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrA / Menaquinol--cytochrome c reductase iron-sulfur ...Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrA / Menaquinol--cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein


分子量: 45232.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: qcrA, Cgl2190, cg2404
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q79VE8
#13: タンパク質 Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)


分子量: 8373.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl0818
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NS61
#14: タンパク質 Hypothetical membrane protein


分子量: 6628.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl0673
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NSJ8

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 3種, 6分子 EeGgDd

#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome aa3 subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 22457.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: ctaE, Cgl2192, cg2406
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q9AEL8, cytochrome-c oxidase
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome aa3 subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Oxidase aa(3) subunit 2


分子量: 39665.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: ctaC, Cgl2195, cg2409
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NNK2, cytochrome-c oxidase
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome aa3 subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 66340.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: ctaD, Cgl2523, cg2780
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q79VD7, cytochrome-c oxidase

-
Uncharacterized ... , 2種, 4分子 HhLl

#3: タンパク質 Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211 / P20


分子量: 16385.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
遺伝子: Cgl2017, cg2211
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NP09
#8: タンパク質 Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949 / P29


分子量: 20025.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl2664, cg2949
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NMB4

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Cytochrome bc1 complex cytochrome ... , 2種, 4分子 BbCc

#9: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrB / Menaquinol--cytochrome c reductase cytochrome b subunit


分子量: 59863.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
遺伝子: qcrB, Cgl2189, cg2403
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q79VE9, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome bc1 reductase complex subunit Qcrc / Menaquinol--cytochrome c reductase ...Cytochrome c1 / Cytochrome bc1 reductase complex subunit Qcrc / Menaquinol--cytochrome c reductase cytochrome c subunit


分子量: 29898.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: qcrC, Cgl2191, cg2405
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NNK5, quinol-cytochrome-c reductase

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Co-purified unknown peptide built as polyALA ... , 2種, 2分子 Xx

#11: タンパク質・ペプチド Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE)


分子量: 1823.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
#12: タンパク質・ペプチド Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE)


分子量: 1908.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

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非ポリマー , 15種, 92分子

#15: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物
ChemComp-7PH / (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 564.732 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H57O8P
#17: 化合物
ChemComp-TRD / TRIDECANE / LIPID FRAGMENT / トリデカン


分子量: 184.361 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28
#18: 化合物
ChemComp-9XX / (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate / (S)-1-(palmitoyloxy)propan-2-yl (S)-10-methyloctadecanoate


分子量: 594.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H74O4
#19: 化合物 ChemComp-TWT / DOCOSANE / ドコサン


分子量: 310.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H46
#20: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#21: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#22: 化合物
ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6
#23: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#24: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#25: 化合物
ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物
ChemComp-9YF / (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate


分子量: 853.112 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85O13P
#27: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#28: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#29: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The respiratory supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 276 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0257 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65391 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3→328.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.799
Rfactor反射数%反射
Rwork0.37382 --
obs0.37382 2752401 100 %
原子変位パラメータBiso mean: 56.633 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20.8 Å20.03 Å2
2---0.67 Å2-0.01 Å2
3---1.01 Å2
LS精密化 シェル最高解像度: 3 Å /
Rfactor%反射
Rfree0 -
Rwork1.878 -
obs-100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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