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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pxf | ||||||
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タイトル | Ca2+ free Drosophila Slo channel | ||||||
要素 | Isoform J of Calcium-activated potassium channel slowpoke | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Potassium transport / BK channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sperm Motility And Taxes / negative regulation of neuromuscular synaptic transmission / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / male courtship behavior, veined wing generated song production / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / circadian behavior / monoatomic ion channel complex / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport ...Sperm Motility And Taxes / negative regulation of neuromuscular synaptic transmission / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / male courtship behavior, veined wing generated song production / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / circadian behavior / monoatomic ion channel complex / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / circadian rhythm / postsynaptic membrane / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Raisch, T. / Brockmann, A. / Ebbinghaus-Kintscher, U. / Freigang, J. / Gutbrod, O. / Kubicek, J. / Maertens, B. / Hofnagel, O. / Raunser, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Small molecule modulation of the Drosophila Slo channel elucidated by cryo-EM. 著者: Tobias Raisch / Andreas Brockmann / Ulrich Ebbinghaus-Kintscher / Jörg Freigang / Oliver Gutbrod / Jan Kubicek / Barbara Maertens / Oliver Hofnagel / Stefan Raunser / 要旨: Slowpoke (Slo) potassium channels display extraordinarily high conductance, are synergistically activated by a positive transmembrane potential and high intracellular Ca concentrations and are ...Slowpoke (Slo) potassium channels display extraordinarily high conductance, are synergistically activated by a positive transmembrane potential and high intracellular Ca concentrations and are important targets for insecticides and antiparasitic drugs. However, it is unknown how these compounds modulate ion translocation and whether there are insect-specific binding pockets. Here, we report structures of Drosophila Slo in the Ca-bound and Ca-free form and in complex with the fungal neurotoxin verruculogen and the anthelmintic drug emodepside. Whereas the architecture and gating mechanism of Slo channels are conserved, potential insect-specific binding pockets exist. Verruculogen inhibits K transport by blocking the Ca-induced activation signal and precludes K from entering the selectivity filter. Emodepside decreases the conductance by suboptimal K coordination and uncouples ion gating from Ca and voltage sensing. Our results expand the mechanistic understanding of Slo regulation and lay the foundation for the rational design of regulators of Slo and other voltage-gated ion channels. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pxf.cif.gz | 628.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pxf.ent.gz | 506.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pxf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/7pxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/7pxf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 130919.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: slo, CG10693 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q03720 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Slo tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 79.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4085: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 920897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90897 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5TJ6 Accession code: 5TJ6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |