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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ok0 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Sulfolobus acidocaldarius RNA polymerase at 2.88 A | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / RNA polymerase / Archaea / Crenarchaea | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Pilotto, S. / Fouqueau, T. / Lukoyanova, N. / Sheppard, C. / Lucas-Staat, S. / Diaz-Santin, L.M. / Matelska, D. / Prangishvili, D. / Cheung, A.C.M. / Werner, F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of RNA polymerase inhibition by viral and host factors. 著者: Simona Pilotto / Thomas Fouqueau / Natalya Lukoyanova / Carol Sheppard / Soizick Lucas-Staat / Luis Miguel Díaz-Santín / Dorota Matelska / David Prangishvili / Alan C M Cheung / Finn Werner / ![]() ![]() 要旨: RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution ...RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution structures of two such RNAP-inhibitor complexes that provide the structural bases underlying RNAP inhibition in archaea. The Acidianus two-tailed virus encodes the RIP factor that binds inside the DNA-binding channel of RNAP, inhibiting transcription by occlusion of binding sites for nucleic acid and the transcription initiation factor TFB. Infection with the Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus induces the expression of the host factor TFS4, which binds in the RNAP funnel similarly to eukaryotic transcript cleavage factors. However, TFS4 allosterically induces a widening of the DNA-binding channel which disrupts trigger loop and bridge helix motifs. Importantly, the conformational changes induced by TFS4 are closely related to inactivated states of RNAP in other domains of life indicating a deep evolutionary conservation of allosteric RNAP inhibition. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 576.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 472.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 10種, 10分子 ABCDEHKLNP
#1: タンパク質 | 分子量: 99929.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO1 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: P11512, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 126647.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO2 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: P11513, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 44507.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO1 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: P11514, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 29858.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO3 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: P39471, DNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 20496.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO7 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: P39466, DNA-directed RNA polymerase |
#8: タンパク質 | 分子量: 9477.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO5 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: P11521, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 10251.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO6 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: P39463, DNA-directed RNA polymerase |
#10: タンパク質 | 分子量: 10061.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO11 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: P46217, DNA-directed RNA polymerase |
#11: タンパク質 | 分子量: 7673.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO10 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: P39472, DNA-directed RNA polymerase |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5662.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO12 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: Q4JAE8, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA-directed RNA polymerase, subunit ... , 2種, 2分子 FG
#6: タンパク質 | 分子量: 13070.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO4 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: Q4JB12, DNA-directed RNA polymerase |
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#7: タンパク質 | 分子量: 15292.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO8 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: rpoG, Saci_0661 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: Q4JAY4, DNA-directed RNA polymerase |
-タンパク質 , 1種, 1分子 Q
#13: タンパク質 | 分子量: 12331.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit 13 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 参照: UniProt: Q4JAJ6 |
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-非ポリマー , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
#14: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
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#15: 化合物 | ChemComp-ZN / #16: 化合物 | ChemComp-F3S / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: apo-RNA polymerase / タイプ: COMPLEX / 詳細: 13 subunits / Entity ID: #1-#13 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.404 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.06 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample was crosslinked with bis(sulfosuccinimidyl)suberate (BS3) | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: The grid was coated with graphene oxide prior to use グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 44.46 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1676 詳細: Images were collected in movie-mode for a total of 40 frames in super-resolution mode and with a tilt of 30 degrees |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Movie stacks were aligned and summed using MotionCor2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF aplitude was further corrected on selected particles after 3D recostruction to correct the 30 degrees tilt used during data collection タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1286432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 423157 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 57.7772 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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