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万見
- PDB-7ofh: CryoEM structure of the outer membrane secretin pore pIV from the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ofh
タイトルCryoEM structure of the outer membrane secretin pore pIV from the f1 filamentous bacteriophage.
要素Virion export protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Secretin Outer membrane Virion export
機能・相同性
機能・相同性情報


viral extrusion / host cell membrane / protein secretion / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion export protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage f1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Conners, R. / Gold, V.A.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210363/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: CryoEM structure of the outer membrane secretin channel pIV from the f1 filamentous bacteriophage.
著者: Rebecca Conners / Mathew McLaren / Urszula Łapińska / Kelly Sanders / M Rhia L Stone / Mark A T Blaskovich / Stefano Pagliara / Bertram Daum / Jasna Rakonjac / Vicki A M Gold /
要旨: The Ff family of filamentous bacteriophages infect gram-negative bacteria, but do not cause lysis of their host cell. Instead, new virions are extruded via the phage-encoded pIV protein, which has ...The Ff family of filamentous bacteriophages infect gram-negative bacteria, but do not cause lysis of their host cell. Instead, new virions are extruded via the phage-encoded pIV protein, which has homology with bacterial secretins. Here, we determine the structure of pIV from the f1 filamentous bacteriophage at 2.7 Å resolution by cryo-electron microscopy, the first near-atomic structure of a phage secretin. Fifteen f1 pIV subunits assemble to form a gated channel in the bacterial outer membrane, with associated soluble domains projecting into the periplasm. We model channel opening and propose a mechanism for phage egress. By single-cell microfluidics experiments, we demonstrate the potential for secretins such as pIV to be used as adjuvants to increase the uptake and efficacy of antibiotics in bacteria. Finally, we compare the f1 pIV structure to its homologues to reveal similarities and differences between phage and bacterial secretins.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12874
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12874
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virion export protein
B: Virion export protein
C: Virion export protein
D: Virion export protein
E: Virion export protein
F: Virion export protein
G: Virion export protein
H: Virion export protein
I: Virion export protein
J: Virion export protein
K: Virion export protein
L: Virion export protein
M: Virion export protein
N: Virion export protein
O: Virion export protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)688,31245
ポリマ－669,86615
非ポリマー18,44630
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, 15 fold symmetry was observed in the 2D classes obtained from Relion
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area93790 Å2
ΔGint-448 kcal/mol
Surface area154320 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Virion export protein / Gene 4 protein / G4P


分子量: 44657.707 Da / 分子数: 15 / 変異: S318I / 由来タイプ: 組換発現
詳細: S9P, D49N, I66N are naturally occurring polymorphisms.
由来: (組換発現) Enterobacteria phage f1 (ファージ)
遺伝子: IV / Variant: S9P, D49N, I66N / プラスミド: pPMR132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P03666
#2: 化合物...
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
非ポリマーの詳細Residue 501 is full-length CHAPS, and residue 502 has been modeled as the CHAPS aromatic rings ...Residue 501 is full-length CHAPS, and residue 502 has been modeled as the CHAPS aromatic rings only, due to there being no clear density for the rest of the CHAPS molecule.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Virion export protein pIV / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: From Inoviridae sp. f1 / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.6697 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Inoviridae sp. (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: TG1 / プラスミド: pPMR132
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
11 % (w/v)CHAPS (3-((3-cholamidopropyl) dimethylammonio)-1-propanesulfonate)C32H58N2O7S1
225 mMsodium hepesC8H17N2NaO4S1
3500 mMsodium chlorideNaCl1
40.5 mMEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force 0, blot time 4sec

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X
撮影平均露光時間: 3.52 sec. / 電子線照射量: 42.059 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Warp粒子像選択Particle selection
2EPU画像取得Data collection
4WarpCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION3.1beta最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION3.1beta３次元再構成
13REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C15 (15回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111679 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5W68

5w68


Accession code: 5W68 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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