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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ofh | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the outer membrane secretin pore pIV from the f1 filamentous bacteriophage. | ||||||
![]() | Virion export protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Secretin Outer membrane Virion export | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
![]() | Conners, R. / Gold, V.A.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of the outer membrane secretin channel pIV from the f1 filamentous bacteriophage. 著者: Rebecca Conners / Mathew McLaren / Urszula Łapińska / Kelly Sanders / M Rhia L Stone / Mark A T Blaskovich / Stefano Pagliara / Bertram Daum / Jasna Rakonjac / Vicki A M Gold / ![]() ![]() ![]() 要旨: The Ff family of filamentous bacteriophages infect gram-negative bacteria, but do not cause lysis of their host cell. Instead, new virions are extruded via the phage-encoded pIV protein, which has ...The Ff family of filamentous bacteriophages infect gram-negative bacteria, but do not cause lysis of their host cell. Instead, new virions are extruded via the phage-encoded pIV protein, which has homology with bacterial secretins. Here, we determine the structure of pIV from the f1 filamentous bacteriophage at 2.7 Å resolution by cryo-electron microscopy, the first near-atomic structure of a phage secretin. Fifteen f1 pIV subunits assemble to form a gated channel in the bacterial outer membrane, with associated soluble domains projecting into the periplasm. We model channel opening and propose a mechanism for phage egress. By single-cell microfluidics experiments, we demonstrate the potential for secretins such as pIV to be used as adjuvants to increase the uptake and efficacy of antibiotics in bacteria. Finally, we compare the f1 pIV structure to its homologues to reveal similarities and differences between phage and bacterial secretins. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 693.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 562.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 12874MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 7.0 TB Data #1: Micrographs of the secretin protein, pIV, from the f1 filamentous bacteriophage (dataset1) [micrographs - multiframe] Data #2: Micrographs of the secretin protein, pIV, from the f1 filamentous bacteriophage (dataset2) [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44657.707 Da / 分子数: 15 / 変異: S318I / 由来タイプ: 組換発現 詳細: S9P, D49N, I66N are naturally occurring polymorphisms. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: IV / Variant: S9P, D49N, I66N / プラスミド: pPMR132 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CPS / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | 非ポリマーの詳細 | Residue 501 is full-length CHAPS, and residue 502 has been modeled as the CHAPS aromatic rings ...Residue 501 is full-length CHAPS, and residue 502 has been modeled as the CHAPS aromatic rings only, due to there being no clear density for the rest of the CHAPS molecule. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Virion export protein pIV / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: From Inoviridae sp. f1 / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.6697 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのサイズ: 300 divisions/in. グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force 0, blot time 4sec |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X |
撮影 | 平均露光時間: 3.52 sec. / 電子線照射量: 42.059 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C15 (15回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111679 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5W68 Accession code: 5W68 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |