PDB-7o40: Structural basis for VIPP1 oligomerization and maintenance of thy...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 7o40

タイトル

Structural basis for VIPP1 oligomerization and maintenance of thylakoid membrane integrity

要素

Protein sll0617

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / ESCRT-III / Membrane remodelling / nucleotide hydrolysis / photosynthesis / thylakoid biogenesis / stress response

機能・相同性

phage shock / PspA/IM30 / PspA/IM30 family / plasma membrane / cytosol / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Membrane-associated protein Vipp1

機能・相同性情報

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å

データ登録者

Gupta, T.K. / Klumpe, S. / Gries, K. / Strauss, M. / Rudack, T. / Schuller, J.M. / Schroda, M. / Engel, B.D.

資金援助

ドイツ,

日本, 7件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	FOR2092 EN1194/1-1	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	NI 390/9-2	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	SCHU 3364	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	FOR2092 Schr 617/8-2	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	TRR 175/C02	ドイツ
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	16H06554	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	17H03699	日本

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis for VIPP1 oligomerization and maintenance of thylakoid membrane integrity.
著者: Tilak Kumar Gupta / Sven Klumpe / Karin Gries / Steffen Heinz / Wojciech Wietrzynski / Norikazu Ohnishi / Justus Niemeyer / Benjamin Spaniol / Miroslava Schaffer / Anna Rast / Matthias ...
要旨: Vesicle-inducing protein in plastids 1 (VIPP1) is essential for the biogenesis and maintenance of thylakoid membranes, which transform light into life. However, it is unknown how VIPP1 performs its ...

履歴

登録	2021年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年7月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

ムービー	生物学的単位 - software_defined_assembly Jmolによる作画ダウンロード登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-12713 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-12713 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
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分子:

Molmil

Jmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7o40_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o40_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7o40_validation.xml.gz	50.1 KB	表示
CIF形式データ	7o40_validation.cif.gz	76.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o40	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	12713MC 12324C 12325C 12326C 12327C 12328C 12329C 12330C 12710C 12711C 12712C 12714C 7o3wC 7o3xC 7o3yC 7o3zC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	12713 7o3z-1 5z9w-1 12712 12714 7o3y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

C: Protein sll0617

E: Protein sll0617

F: Protein sll0617

A: Protein sll0617

B: Protein sll0617

D: Protein sll0617

ヘテロ分子

173 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Protein sll0617

E: Protein sll0617

F: Protein sll0617

A: Protein sll0617

B: Protein sll0617

D: Protein sll0617

ヘテロ分子

x 17

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy, symmetric cryoEM map
2.95 MDa, 102 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Protein sll0617 / VIPP1 / IM30 complex 分子量: 28822.145 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: sll0617 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q55707
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: VIPP1 / IM30 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: ER2566
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 45 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	crYOLO		粒子像選択
2	SerialEM		画像取得
4	Gctf		CTF補正
7	NAMD	2.12	モデルフィッティング
9	PHENIX	1.17.1	モデル精密化
11	RELION	3	最終オイラー角割当
12	RELION	3	分類
13	RELION	3	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁₇ (17回回転対称)

3次元再構成

解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16500 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial model 4whe used for comparative modelling and Rosetta to predict the missing segments

原子モデル構築

PDB-ID: 4WHE

4whe

PDB chain-ID: A / Accession code: 4WHE / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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