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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mkp | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli RNA polymerase core enzyme | |||||||||
![]() | (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4 | |||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / RNAP recycling / RapA / Post-Termination Complex / PTC | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||
![]() | Qayyum, M.Z. / Murakami, K.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of RNA polymerase recycling by the Swi2/Snf2 family of ATPase RapA in Escherichia coli. 著者: M Zuhaib Qayyum / Vadim Molodtsov / Andrew Renda / Katsuhiko S Murakami / ![]() 要旨: After transcription termination, cellular RNA polymerases (RNAPs) are occasionally trapped on DNA, impounded in an undefined post-termination complex (PTC), limiting the free RNAP pool and ...After transcription termination, cellular RNA polymerases (RNAPs) are occasionally trapped on DNA, impounded in an undefined post-termination complex (PTC), limiting the free RNAP pool and subsequently leading to inefficient transcription. In Escherichia coli, a Swi2/Snf2 family of ATPase called RapA is known to be involved in countering such inefficiency through RNAP recycling; however, the precise mechanism of this recycling is unclear. To better understand its mechanism, here we determined the structures of two sets of E. coli RapA-RNAP complexes, along with the RNAP core enzyme and the elongation complex, using cryo-EM. These structures revealed the large conformational changes of RNAP and RapA upon their association that has been implicated in the hindrance of PTC formation. Our results along with DNA-binding assays reveal that although RapA binds RNAP away from the DNA-binding main channel, its binding can allosterically close the RNAP clamp, thereby preventing its nonspecific DNA binding and PTC formation. Taken together, we propose that RapA acts as a guardian of RNAP by which RapA prevents nonspecific DNA binding of RNAP without affecting the binding of promoter DNA recognition σ factor, thereby enhancing RNAP recycling. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 578.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 452.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 26213.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoA, FAZ83_23195 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 150590.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoB, FAZ83_22375 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 150865.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoC, FAZ83_22370 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#6: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli RNA polymerase core enzyme / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 235617 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 208.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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