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- PDB-7ls2: 80S ribosome from mouse bound to eEF2 (Class I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ls2
タイトル80S ribosome from mouse bound to eEF2 (Class I)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (60S ribosomal protein ...) x 43
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Elongation factor 2
  • Isoform 3 of Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding protein
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / regulation / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / mammalian oogenesis stage / TNFR1-mediated ceramide production / 5.8S rRNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / axial mesoderm development / Protein hydroxylation / PELO:HBS1L and ABCE1 dissociate a ribosome on a non-stop mRNA / Formation of a pool of free 40S subunits ...Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / mammalian oogenesis stage / TNFR1-mediated ceramide production / 5.8S rRNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / axial mesoderm development / Protein hydroxylation / PELO:HBS1L and ABCE1 dissociate a ribosome on a non-stop mRNA / Formation of a pool of free 40S subunits / negative regulation of protein neddylation / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Regulation of PTEN localization / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Fanconi Anemia Pathway / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulation of FLT3 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Downregulation of ERBB4 signaling / Stabilization of p53 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / PD-L1(CD274) glycosylation and translocation to plasma membrane / Translesion synthesis by REV1 / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Translesion synthesis by POLK / Pexophagy / Regulation of NF-kappa B signaling / positive regulation of phosphatase activity / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Translesion synthesis by POLI / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / middle ear morphogenesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / NRIF signals cell death from the nucleus / Interferon alpha/beta signaling / T cell proliferation involved in immune response / p75NTR recruits signalling complexes / Negative regulation of MAPK pathway / Spry regulation of FGF signaling / Regulation of TP53 Degradation / Translesion Synthesis by POLH / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Negative regulation of MET activity / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Termination of translesion DNA synthesis / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Josephin domain DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / alpha-beta T cell differentiation / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Downregulation of ERBB2 signaling / Dual incision in TC-NER / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Oncogene Induced Senescence / Degradation of CRY and PER proteins / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Protein methylation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Metalloprotease DUBs / Formation of Incision Complex in GG-NER / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE)
類似検索 - 分子機能
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類似検索 - ドメイン・相同性
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類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Loerch, S. / Smith, P.R. / Kunder, N. / Stanowick, A.D. / Lou, T.-F. / Campbell, Z.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS100788 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS114018 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Functionally distinct roles for eEF2K in the control of ribosome availability and p-body abundance.
著者: Patrick R Smith / Sarah Loerch / Nikesh Kunder / Alexander D Stanowick / Tzu-Fang Lou / Zachary T Campbell /
要旨: Processing bodies (p-bodies) are a prototypical phase-separated RNA-containing granule. Their abundance is highly dynamic and has been linked to translation. Yet, the molecular mechanisms responsible ...Processing bodies (p-bodies) are a prototypical phase-separated RNA-containing granule. Their abundance is highly dynamic and has been linked to translation. Yet, the molecular mechanisms responsible for coordinate control of the two processes are unclear. Here, we uncover key roles for eEF2 kinase (eEF2K) in the control of ribosome availability and p-body abundance. eEF2K acts on a sole known substrate, eEF2, to inhibit translation. We find that the eEF2K agonist nelfinavir abolishes p-bodies in sensory neurons and impairs translation. To probe the latter, we used cryo-electron microscopy. Nelfinavir stabilizes vacant 80S ribosomes. They contain SERBP1 in place of mRNA and eEF2 in the acceptor site. Phosphorylated eEF2 associates with inactive ribosomes that resist splitting in vitro. Collectively, the data suggest that eEF2K defines a population of inactive ribosomes resistant to recycling and protected from degradation. Thus, eEF2K activity is central to both p-body abundance and ribosome availability in sensory neurons.
履歴
登録2021年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年11月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.02026年7月1日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / struct_ref
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _em_admin.last_update / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.12026年7月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / struct_ref / Data content type: EM metadata / EM metadata
Item: _em_admin.last_update / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: 60S ribosomal protein L7
B1: 60S ribosomal protein L7a
C1: 60S ribosomal protein L9
D1: 60S ribosomal protein L10-like
E1: 60S ribosomal protein L11
F1: 60S ribosomal protein L13
G1: 60S ribosomal protein L14
H1: 60S ribosomal protein L15
A2: 28S rRNA
B2: 5S rRNA
C2: 5.8S rRNA
D2: 60S ribosomal protein L8
E2: 60S ribosomal protein L3
F2: 60S ribosomal protein L4
G2: 60S ribosomal protein L5
H2: 60S ribosomal protein L6
I2: 60S ribosomal protein L13a
J2: 60S ribosomal protein L17
K2: 60S ribosomal protein L18
L2: 60S ribosomal protein L19
M2: 60S ribosomal protein L18a
N2: 60S ribosomal protein L21
O2: 60S ribosomal protein L22
P2: 60S ribosomal protein L23
Q2: 60S ribosomal protein L24
R2: 60S ribosomal protein L23a
S2: 60S ribosomal protein L26
T2: 60S ribosomal protein L27
U2: 60S ribosomal protein L27a
V2: 60S ribosomal protein L29
W2: 60S ribosomal protein L30
X2: 60S ribosomal protein L31
Y2: 60S ribosomal protein L32
Z2: 60S ribosomal protein L35a
a2: 60S ribosomal protein L34
b2: 60S ribosomal protein L35
c2: 60S ribosomal protein L36
d2: 60S ribosomal protein L37
e2: 60S ribosomal protein L38
f2: 60S ribosomal protein L39
g2: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
h2: 60S ribosomal protein L41
i2: 60S ribosomal protein L36a
j2: 60S ribosomal protein L37a
k2: 60S ribosomal protein L28
m2: 18S rRNA
n2: tRNA
p2: 40S ribosomal protein S3a
q2: 40S ribosomal protein S3
r2: 40S ribosomal protein S4, X isoform
w2: 40S ribosomal protein S11
z2: 40S ribosomal protein S17
o2: 40S ribosomal protein SA
s2: 40S ribosomal protein S5
v2: 40S ribosomal protein S10
x2: 40S ribosomal protein S15
y2: 40S ribosomal protein S16
A3: 40S ribosomal protein S18
B3: 40S ribosomal protein S19
C3: 40S ribosomal protein S20
D3: 40S ribosomal protein S21
E3: 40S ribosomal protein S23
F3: 40S ribosomal protein S26
G3: 40S ribosomal protein S28
H3: 40S ribosomal protein S29
I3: Receptor of activated protein C kinase 1
J3: 40S ribosomal protein S2
K3: 40S ribosomal protein S6
L3: 40S ribosomal protein S9
M3: 40S ribosomal protein S12
N3: 40S ribosomal protein S13
O3: 40S ribosomal protein S14
P3: 40S ribosomal protein S15a
Q3: 40S ribosomal protein S24
R3: 40S ribosomal protein S25
S3: 40S ribosomal protein S27-like
T3: 40S ribosomal protein S30
U3: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
m: Elongation factor 2
j: 60S acidic ribosomal protein P0
k: 60S ribosomal protein L12
A: Isoform 3 of Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding protein
t: 40S ribosomal protein S7
u: 40S ribosomal protein S8
L1: 60S ribosomal protein L10a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,922,90794
ポリマ－3,921,98285
非ポリマー9259
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 43種, 43分子 A1B1C1D1E1F1G1H1D2E2F2G2H2I2J2K2L2M2N2O2P2Q2R2S2T2U2V2W2X2Y2...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 31492.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14148
#2: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Surfeit locus protein 3


分子量: 30042.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P12970
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21917.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P51410
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like


分子量: 24612.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P86048
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CXW4
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / A52


分子量: 24364.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47963
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23620.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR57
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CZM2
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62918
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / J1 protein


分子量: 46212.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P27659
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 47272.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D8E6
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34464.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47962
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / TAX-responsive enhancer element-binding protein 107 / TAXREB107


分子量: 33593.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47911
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / Transplantation antigen P198 / Tum-P198 antigen


分子量: 23519.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P19253
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 21470.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPR4
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21698.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P35980
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P84099
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20778.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62717
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18607.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O09167
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / Heparin-binding protein HBp15


分子量: 14784.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P67984
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62830
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BP67
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62751
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Silica-induced gene 20 protein / SIG-20


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P61255
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P61358
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / L29


分子量: 16648.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14115
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 17635.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47915
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62889
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62900
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62911
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O55142
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13325.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D1R9
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14595.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWV7
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12249.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47964
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D823
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8224.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9JJI8
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62892
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62947
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P83882
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P61514
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15770.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P41105
#81: タンパク質 60S ribosomal protein L12


分子量: 17833.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P35979
#85: タンパク質 60S ribosomal protein L10a / CSA-19 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 6 / NEDD-6


分子量: 24965.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P53026

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 A2B2C2m2n2

#9: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1532100.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#10: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 396138
#11: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50157.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#46: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603714.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#47: RNA鎖 tRNA


分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質 , 6種, 6分子 g2I3U3mjA

#41: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 14771.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62984
#66: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / 12-3 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Receptor for activated C kinase / ...12-3 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / p205


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P68040
#78: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 17990.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62983
#79: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2


分子量: 95581.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P58252
#80: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / 60S ribosomal protein L10E


分子量: 34252.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14869
#82: タンパク質 Isoform 3 of Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding protein / PAI1 RNA-binding protein 1 / PAI-RBP1 / SERPINE1 mRNA-binding protein 1


分子量: 42317.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CY58

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 p2q2r2w2z2o2s2v2x2y2A3B3C3D3E3F3G3H3J3K3L3M3N3O3P3Q3R3S3T3tu

#48: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Protein TU-11


分子量: 29942.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P97351
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 26715.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P62908, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62702
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62281
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63276
#53: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37 kDa oncofetal antigen / 37/67 kDa laminin receptor / ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37 kDa oncofetal antigen / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / OFA/iLRP


分子量: 32867.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14206
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 22926.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P97461
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 18951.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63325
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62843
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14131
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62270
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16117.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CZX8
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P60867
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9154.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQR2
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62267
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62855
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62858
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62274
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3


分子量: 31283.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P25444
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62754
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWN5
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14549.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63323
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62301
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62264
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62245
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62849
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62852
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S27-like


分子量: 9496.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWY3
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 14441.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q642K5
#83: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62082
#84: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62242

-
非ポリマー , 4種, 13分子

#86: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#87: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#88: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#89: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S ribosome from mous ebound to eEF2 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#78, #80-#85 / 由来: NATURAL
分子量値: 4.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 3 second blotting, force 3

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.8画像取得
4cisTEMCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cisTEM初期オイラー角割当
10cisTEM最終オイラー角割当
11cisTEM分類
12cisTEM３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 193794
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23297 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 138.97 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002243582
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48356719
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.030944165
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003523693
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.6766109983

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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