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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l7b | ||||||
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タイトル | Clostridioides difficile RNAP with fidaxomicin | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/INHIBITOR / fidaxomicin / Clostridioides difficile RNA polymerase / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-templated transcription initiation => GO:0006352 / sigma factor activity / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||
![]() | Boyaci, H. / Campbell, E.A. / Darst, S.A. / Chen, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Basis of narrow-spectrum activity of fidaxomicin on Clostridioides difficile. 著者: Xinyun Cao / Hande Boyaci / James Chen / Yu Bao / Robert Landick / Elizabeth A Campbell / ![]() 要旨: Fidaxomicin (Fdx) is widely used to treat Clostridioides difficile (Cdiff) infections, but the molecular basis of its narrow-spectrum activity in the human gut microbiome remains unknown. Cdiff ...Fidaxomicin (Fdx) is widely used to treat Clostridioides difficile (Cdiff) infections, but the molecular basis of its narrow-spectrum activity in the human gut microbiome remains unknown. Cdiff infections are a leading cause of nosocomial deaths. Fidaxomicin, which inhibits RNA polymerase, targets Cdiff with minimal effects on gut commensals, reducing recurrence of Cdiff infection. Here we present the cryo-electron microscopy structure of Cdiff RNA polymerase in complex with fidaxomicin and identify a crucial fidaxomicin-binding determinant of Cdiff RNA polymerase that is absent in most gut microbiota such as Proteobacteria and Bacteroidetes. By combining structural, biochemical, genetic and bioinformatic analyses, we establish that a single residue in Cdiff RNA polymerase is a sensitizing element for fidaxomicin narrow-spectrum activity. Our results provide a blueprint for targeted drug design against an important human pathogen. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 861.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 34958.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoA, CD630_00980 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 142367.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoB, CD630_00660 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 129916.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoC, CD630_00670 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 10214.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoZ, CD630_25871, CD2587A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#5: タンパク質 | 分子量: 44476.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoD, sigA, E5F33_13310, E5F39_07990, E5F43_14795, FQN08_07520 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 35分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/FI8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/FI8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MG / | #8: 化合物 | ChemComp-FI8 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Clostridioides difficile RNA polymerase in complex with fidaxomicin タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182390 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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