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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kq5 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima | ||||||||||||
要素 | Maritimacin | ||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / Encapsulin / HK97 fold / flavin-binding / icosahedral | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 encapsulin nanocompartment / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wiryaman, T.I. / Toor, N. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of a thermostable bacterial nanocompartment. 著者: Timothy Wiryaman / Navtej Toor / 要旨: Protein nanocompartments are widespread in bacteria and archaea, but their functions are not yet well understood. Here, the cryo-EM structure of a nanocompartment from the thermophilic bacterium is ...Protein nanocompartments are widespread in bacteria and archaea, but their functions are not yet well understood. Here, the cryo-EM structure of a nanocompartment from the thermophilic bacterium is reported at 2.0 Å resolution. The high resolution of this structure shows that interactions in the E-loop domain may be important for the thermostability of the nanocompartment assembly. Also, the channels at the fivefold axis, threefold axis and dimer interface are assessed for their ability to transport iron. Finally, an unexpected flavin ligand was identified on the exterior of the shell, indicating that this nanocompartment may also play a direct role in iron metabolism. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kq5.cif.gz | 109.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kq5.ent.gz | 83.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kq5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kq5_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kq5_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kq5_validation.xml.gz | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kq5_validation.cif.gz | 44.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kq5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22992MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10674 (タイトル: Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima Data size: 1.6 TB Data #1: Unaligned multiframe movies of T. maritima encapsulin [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30516.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0785 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q9WZP2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Encapsulin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.82868 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta2(DE3) / プラスミド: pET-11a | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Plasma cleaned in Gatan Solarus system / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 33.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2772 |
画像スキャン | 横: 11520 / 縦: 8184 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 204251 / 詳細: Picked with trained cryolo model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185459 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER 詳細: Map was cropped to a 342 box size and density modified with PHENIX ResolveCryoEM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3DKT PDB chain-ID: A / Accession code: 3DKT / Pdb chain residue range: 4-269 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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