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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f75 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / Complex / transcription activator / stress / oxidated form / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription ...nucleoid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, W. / Feng, Y. / Shi, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Structural basis of transcription activation by the global regulator Spx. 著者: Jing Shi / Fangfang Li / Aijia Wen / Libing Yu / Lu Wang / Fulin Wang / Yuanling Jin / Sha Jin / Yu Feng / Wei Lin / 要旨: Spx is a global transcriptional regulator in Gram-positive bacteria and has been inferred to efficiently activate transcription upon oxidative stress by engaging RNA polymerase (RNAP) and promoter ...Spx is a global transcriptional regulator in Gram-positive bacteria and has been inferred to efficiently activate transcription upon oxidative stress by engaging RNA polymerase (RNAP) and promoter DNA. However, the precise mechanism by which it interacts with RNAP and promoter DNA to initiate transcription remains obscure. Here, we report the cryo-EM structure of an intact Spx-dependent transcription activation complex (Spx-TAC) from Bacillus subtilis at 4.2 Å resolution. The structure traps Spx in an active conformation and defines key interactions accounting for Spx-dependent transcription activation. Strikingly, an oxidized Spx monomer engages RNAP by simultaneously interacting with the C-terminal domain of RNAP alpha subunit (αCTD) and σA. The interface between Spx and αCTD is distinct from those previously reported activators, indicating αCTD as a multiple target for the interaction between RNAP and various transcription activators. Notably, Spx specifically wraps the conserved -44 element of promoter DNA, thereby stabilizing Spx-TAC. Besides, Spx interacts extensively with σA through three different interfaces and promotes Spx-dependent transcription activation. Together, our structural and biochemical results provide a novel mechanistic framework for the regulation of bacterial transcription activation and shed new light on the physiological roles of the global Spx-family transcription factors. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f75.cif.gz | 636 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f75.ent.gz | 501.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f75.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f75_validation.pdf.gz | 920.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f75_full_validation.pdf.gz | 963.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f75_validation.xml.gz | 87.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f75_validation.cif.gz | 139.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/7f75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/7f75 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 6種, 8分子 ABICDEHL
#1: タンパク質 | 分子量: 34842.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P20429, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 133847.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P37870, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 134444.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P37871, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 7766.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: O35011, DNA-directed RNA polymerase #6: タンパク質 | | 分子量: 8263.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: O31718, DNA-directed RNA polymerase #10: タンパク質 | | 分子量: 20417.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P12464 |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 FG
#5: タンパク質 | 分子量: 43007.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P06224 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 15547.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) |
-TrxA promoter DNA- ... , 2種, 2分子 JK
#8: DNA鎖 | 分子量: 21202.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌) |
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#9: DNA鎖 | 分子量: 20886.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#11: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#12: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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配列の詳細 | The reference sequence database of chain G is GenBank WP_106610844.1 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 最終オイラー角割当 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153870 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT |