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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eu0 | ||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / DNA-directed RNA polymerase IV / RNA- dependent RNA polymerase 2 / RNA-directed DNA methylation pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stomatal complex patterning / siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / RNA polymerase IV complex / retrotransposon silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / stomatal complex development / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing ...stomatal complex patterning / siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / RNA polymerase IV complex / retrotransposon silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / stomatal complex development / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / siRNA processing / RNA polymerase complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of immune response / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / defense response to fungus / transcription-coupled nucleotide-excision repair / heterochromatin / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | ||||||
データ登録者 | Fang, C.L. / Wu, X.X. / Huang, K. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Pol IV and RDR2: A two-RNA-polymerase machine that produces double-stranded RNA. 著者: Kun Huang / Xiao-Xian Wu / Cheng-Li Fang / Zhou-Geng Xu / Hong-Wei Zhang / Jian Gao / Chuan-Miao Zhou / Lin-Lin You / Zhan-Xi Gu / Wen-Hui Mu / Yu Feng / Jia-Wei Wang / Yu Zhang / 要旨: DNA methylation affects gene expression and maintains genome integrity. The DNA-dependent RNA polymerase IV (Pol IV), together with the RNA-dependent RNA polymerase RDR2, produces double-stranded ...DNA methylation affects gene expression and maintains genome integrity. The DNA-dependent RNA polymerase IV (Pol IV), together with the RNA-dependent RNA polymerase RDR2, produces double-stranded small interfering RNA precursors essential for establishing and maintaining DNA methylation in plants. We determined the cryo–electron microscopy structures of the Pol IV–RDR2 holoenzyme and the backtracked transcription elongation complex. These structures reveal that Pol IV and RDR2 form a complex with their active sites connected by an interpolymerase channel, through which the Pol IV–generated transcript is handed over to the RDR2 active site after being backtracked, where it is used as the template for double-stranded RNA (dsRNA) synthesis. Our results describe a ‘backtracking-triggered RNA channeling’ mechanism underlying dsRNA synthesis and also shed light on the evolutionary trajectory of eukaryotic RNA polymerases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eu0.cif.gz | 771 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eu0.ent.gz | 596.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eu0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7eu0_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7eu0_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7eu0_validation.xml.gz | 111.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7eu0_validation.cif.gz | 176.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eu0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AM
#1: タンパク質 | 分子量: 169535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
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#11: タンパク質 | 分子量: 129494.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: O82504, RNA-directed RNA polymerase |
-DNA-directed RNA polymerases ... , 9種, 9分子 BCEFHIJKL
#2: タンパク質 | 分子量: 132848.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9LK40, DNA-directed RNA polymerase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 35503.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q39211 |
#4: タンパク質 | 分子量: 24340.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: O81098 |
#5: タンパク質 | 分子量: 16670.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9FJ98 |
#6: タンパク質 | 分子量: 16626.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9M1A8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 13297.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q6NLH0 |
#8: タンパク質 | 分子量: 8323.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q8LFJ6 |
#9: タンパク質 | 分子量: 13582.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q38859 |
#10: タンパク質 | 分子量: 5905.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9FLM8 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NQ
#12: DNA鎖 | 分子量: 6196.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#14: DNA鎖 | 分子量: 9954.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 OR
#13: RNA鎖 | 分子量: 12215.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#15: RNA鎖 | 分子量: 1239.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 10分子
#16: 化合物 | ChemComp-ZN / #17: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#15 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.55 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 282.65 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.95 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63253 / 対称性のタイプ: POINT |