PDB-7d61: Cryo-EM Structure of human CALHM5 in the presence of EDTA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d61

タイトル

Cryo-EM Structure of human CALHM5 in the presence of EDTA

要素

Calcium homeostasis modulator protein 5

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / large pore channel

機能・相同性

Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / monoatomic cation channel activity /

生体膜 / 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Calcium homeostasis modulator protein 5

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Liu, J. / Guan, F.H. / Wu, J. / Wan, F.T. / Lei, M. / Ye, S.

資金援助

中国, 8件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2016YFA0500404	中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2018YFA0508100	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31525001	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31971127	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31870724	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900041	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31525007	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31930063	中国

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of human calcium homeostasis modulator 5.
著者: Jie Liu / Futang Wan / Qiuheng Jin / Xiaoxiao Li / Eijaz Ahmed Bhat / Jiangtao Guo / Ming Lei / Fenghui Guan / Jian Wu / Sheng Ye /

履歴

登録	2020年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-30587 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d61.cif.gz	562.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d61.ent.gz	488.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d61.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d61	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	30587MC 30586C 30589C 7d60C 7d65C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	7d60-d 7d65-d 6uiv-d 6ytx-d 6vak-d 3la6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calcium homeostasis modulator protein 5

B: Calcium homeostasis modulator protein 5

C: Calcium homeostasis modulator protein 5

D: Calcium homeostasis modulator protein 5

E: Calcium homeostasis modulator protein 5

F: Calcium homeostasis modulator protein 5

G: Calcium homeostasis modulator protein 5

H: Calcium homeostasis modulator protein 5

I: Calcium homeostasis modulator protein 5

J: Calcium homeostasis modulator protein 5

K: Calcium homeostasis modulator protein 5

ヘテロ分子

385 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

#1: タンパク質	Calcium homeostasis modulator protein 5 / Protein FAM26E 分子量: 32921.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALHM5, C6orf188, FAM26E / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5C1
#2: 化合物	... ChemComp-PA8 / 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE 分子量: 423.458 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₆O₈P
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Calcium homeostasis modulator protein 5 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: membrane
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 / プラスミド: pEZT
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1099624 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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