+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c79 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease MRP | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Ribonuclease MRP / RNA-protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / plasmid partitioning / ribonuclease P / nuclease activity ...ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / plasmid partitioning / ribonuclease P / nuclease activity / ribonuclease P activity / rRNA primary transcript binding / tRNA 5'-leader removal / telomerase holoenzyme complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / tRNA processing / maturation of 5.8S rRNA / mRNA processing / rRNA processing / nucleolus / RNA binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lan, P. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural insight into precursor ribosomal RNA processing by ribonuclease MRP. 著者: Pengfei Lan / Bin Zhou / Ming Tan / Shaobai Li / Mi Cao / Jian Wu / Ming Lei / 要旨: Ribonuclease (RNase) MRP is a conserved eukaryotic ribonucleoprotein complex that plays essential roles in precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) processing and cell cycle regulation. In contrast to ...Ribonuclease (RNase) MRP is a conserved eukaryotic ribonucleoprotein complex that plays essential roles in precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) processing and cell cycle regulation. In contrast to RNase P, which selectively cleaves transfer RNA-like substrates, it has remained a mystery how RNase MRP recognizes its diverse substrates. To address this question, we determined cryo-electron microscopy structures of RNase MRP alone and in complex with a fragment of pre-rRNA. These structures and the results of biochemical studies reveal that coevolution of both protein and RNA subunits has transformed RNase MRP into a distinct ribonuclease that processes single-stranded RNAs by recognizing a short, loosely defined consensus sequence. This broad substrate specificity suggests that RNase MRP may have myriad yet unrecognized substrates that could play important roles in various cellular contexts. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c79.cif.gz | 609.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7c79.ent.gz | 486.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7c79_validation.pdf.gz | 925.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7c79_full_validation.pdf.gz | 968.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7c79_validation.xml.gz | 74.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7c79_validation.cif.gz | 116.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c79 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Ribonucleases P/MRP protein subunit ... , 5種, 5分子 BCFGH
#2: タンパク質 | 分子量: 100559.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41812, ribonuclease P |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 22643.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53833 |
#6: タンパク質 | 分子量: 18234.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53218, ribonuclease P |
#7: タンパク質 | 分子量: 15844.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38291, ribonuclease P |
#8: タンパク質 | 分子量: 15530.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38208, ribonuclease P |
-Ribonuclease P/MRP protein subunit ... , 2種, 3分子 EIJ
#5: タンパク質 | 分子量: 19601.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28005, ribonuclease P |
---|---|
#9: タンパク質 | 分子量: 32270.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38786, ribonuclease P |
-Ribonuclease MRP protein subunit ... , 2種, 2分子 KL
#10: タンパク質 | 分子量: 22578.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40993 |
---|---|
#11: タンパク質 | 分子量: 23657.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12530 |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AD
#1: RNA鎖 | 分子量: 108806.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 32933.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38336 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#12: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#13: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ribonuclease MRP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: s288c |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
---|---|
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1232761 / 対称性のタイプ: POINT |