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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7asd | |||||||||
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タイトル | Structure of native royal jelly filaments | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN FIBRIL / protein filament / lipoprotein / glycosylation / royal jelly / major royal jelly protein / honeybee | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caste determination, influence by environmental factors / defense response to fungus / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Apis mellifera (セイヨウミツバチ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Mattei, S. / Ban, A. / Picenoni, A. / Leibundgut, M. / Glockshuber, R. / Boehringer, D. | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure of native glycolipoprotein filaments in honeybee royal jelly. 著者: Simone Mattei / Arvid Ban / Armin Picenoni / Marc Leibundgut / Rudi Glockshuber / Daniel Boehringer / 要旨: Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that ...Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that include the glycosylated major royal jelly protein 1 (MRJP1), the small protein apisimin and insect lipids. Using cryo-electron microscopy we reveal the architecture and the composition of RJ filaments, in which the MRJP1 forms the outer shell of the assembly, surrounding stacked apisimin tetramers harbouring tightly packed lipids in the centre. The structural data rationalize the pH-dependent disassembly of RJ filaments in the gut of the larvae. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7asd.cif.gz | 648.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7asd.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7asd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7asd_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7asd_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7asd_validation.xml.gz | 108.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7asd_validation.cif.gz | 154.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7asd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7asd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 16分子 AABACADAEAFAGAHAABBBCBDBEBFBGBHB
#1: タンパク質 | 分子量: 48934.898 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: O18330 #2: タンパク質 | 分子量: 7949.325 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / Plasmid details: royal jelly / 参照: UniProt: Q8ISL8 |
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-糖 , 3種, 24分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 24分子
#5: 化合物 | ChemComp-94R / ( #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: native royal jelly filaments / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) |
緩衝液 | pH: 4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 119050 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 82 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 64 ° / 軸方向距離/サブユニット: 54 Å / らせん対称軸の対称性: D2 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240483 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL |