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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zy8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of compound 2 bound to CK2alpha | |||||||||
要素 | Casein kinase II subunit alpha | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Fragment based drug discovery | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Brear, P. / Fusco, C. / Atkinson, E. / Rossmann, M. / Francis, N. / Iegre, J. / Hyvonen, M. / Spring, D. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022 タイトル: A fragment-based approach leading to the discovery of inhibitors of CK2 alpha with a novel mechanism of action. 著者: Brear, P. / De Fusco, C. / Atkinson, E.L. / Iegre, J. / Francis-Newton, N.J. / Venkitaraman, A.R. / Hyvonen, M. / Spring, D.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zy8.cif.gz | 158.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zy8.ent.gz | 123.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zy8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zy8_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zy8_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zy8_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zy8_validation.cif.gz | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zy8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zy0C 7zy2C 7zy5C 7zydC 7zykC 7zyoC 7zyrC 8ae7C 8aecC 8aekC 8aemC 5mohS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41467.793 Da / 分子数: 2 断片: residues 2-329 and N-terminal extension GSMDIEFDDDADDDGSGSGSGSGS 変異: R21S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 112.5mM Mes pH 6.5, 35% glycerol ethoxylate, 180 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96861 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.849→166.93 Å / Num. obs: 63759 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 30.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 381744 / Scaling rejects: 6150 |
反射 シェル | 解像度: 1.849→1.855 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 44450 / Num. unique obs: 9217 / CC1/2: 0.779 / Rpim(I) all: 0.317 / Rrim(I) all: 0.708 / Rsym value: 0.808 / Net I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5MOH 解像度: 1.85→166.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9379 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9313 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.123
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原子変位パラメータ | Biso max: 169.78 Å2 / Biso mean: 40.83 Å2 / Biso min: 9.82 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→166.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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