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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zv0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-(2'F,2'dAMP-2'F,2'd要素 | Stimulator of interferon protein | キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / sting / antiviral / activator | 機能・相同性 | 機能・相同性情報 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of type I interferon production / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / monoatomic ion transmembrane transport ...2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of type I interferon production / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / monoatomic ion transmembrane transport / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm 類似検索 - 分子機能 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | データ登録者 | Klima, M. / Smola, M. / Boura, E. | 資金援助 | 1件 |
引用 | ジャーナル: To Be Published | タイトル: Crystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-(2'F,2'dAMP-2'F,2'd 著者: Klima, M. / Smola, M. / Boura, E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zv0.cif.gz | 54 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zv0.ent.gz | 35.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zv0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zv0_validation.pdf.gz | 901.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zv0_full_validation.pdf.gz | 901.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7zv0_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zv0_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zv0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4ksyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23189.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING, LOC340061, hCG_1782396 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3XZB7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-K1C / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Lithium acetate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→34.08 Å / Num. obs: 10263 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 29.16 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1526 / Rpim(I) all: 0.05162 / Rrim(I) all: 0.1614 / Net I/σ(I): 14.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.393 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 983 / CC1/2: 0.801 / CC star: 0.943 / Rpim(I) all: 0.3036 / Rrim(I) all: 0.8729 / % possible all: 97.04 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ksy 解像度: 2.31→34.08 Å / SU ML: 0.2559 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.6663 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→34.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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