PDB-7zu6: Polyoxidovanadate interaction with proteins: crystal structure of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zu6

タイトル

Polyoxidovanadate interaction with proteins: crystal structure of lysozyme bound to tetra-vanadate ion (structure 1)

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / protein / vanadium / metallodrug / polyoxidovanadate ions / interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.183 Å

データ登録者

Tito, G. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Stabilization and Binding of [V 4 O 12 ] 4- and Unprecedented [V 20 O 54 (NO 3 )] n- to Lysozyme upon Loss of Ligands and Oxidation of the Potential Drug V IV O(acetylacetonato) 2.
著者: Ferraro, G. / Tito, G. / Sciortino, G. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zu6.cif.gz	49.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zu6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zu6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zu6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zu6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7zu6_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	7zu6_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zu6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pteC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.050, 77.050, 37.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-353- HOH
2	1	AAA-361- HOH
3	1	AAA-478- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 182分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-V4O / CYCLO-TETRAMETAVANADATE 分子量: 395.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₁₂V₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-VVB / bis(oxidanyl)vanadium / 水酸化バナジウム分子量: 84.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M sodium formate 0.1 M hepes buffer pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.18→38.52 Å / Num. obs: 37733 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 1.18→1.2 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1844 / CC_1/2: 0.847 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193l

193l

解像度: 1.183→38.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 0.73 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	1755	4.83 %
R_work	0.1707	34580	-
all	0.172	-	-
obs	-	36335	96.285 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.152 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.009 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.183→38.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	35	178	1214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.095	1.664	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.644	1.597	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.473	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.526	20.441	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.321	15	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.277	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	555
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.054	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.435	1.532	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.423	1.531	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.134	2.309	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.141	2.313	715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.784	1.935	588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.723	1.904	568
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.226	2.788	854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.166	2.738	830
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.991	20.135	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.792	19.29	1371

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.183-1.214	0.284	86	0.272	1806	X-RAY DIFFRACTION	69.0511
1.214-1.247	0.291	99	0.263	2098	X-RAY DIFFRACTION	82.937
1.247-1.283	0.252	128	0.24	2410	X-RAY DIFFRACTION	97.3159
1.322-1.366	0.267	124	0.219	2327	X-RAY DIFFRACTION	100
1.366-1.414	0.252	108	0.207	2269	X-RAY DIFFRACTION	100
1.414-1.467	0.217	105	0.196	2180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.467-1.527	0.199	124	0.184	2105	X-RAY DIFFRACTION	99.9104
1.527-1.595	0.215	113	0.171	2019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.595-1.672	0.187	102	0.166	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.672-1.762	0.177	91	0.173	1858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.762-1.869	0.184	90	0.167	1761	X-RAY DIFFRACTION	99.946
1.998-2.157	0.168	76	0.154	1540	X-RAY DIFFRACTION	99.9382
2.157-2.363	0.167	68	0.147	1447	X-RAY DIFFRACTION	99.8682
2.363-2.64	0.165	56	0.147	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-3.046	0.231	67	0.164	1165	X-RAY DIFFRACTION	100
3.046-3.725	0.183	44	0.147	1011	X-RAY DIFFRACTION	100
3.725-5.244	0.164	43	0.142	793	X-RAY DIFFRACTION	99.7613

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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