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- PDB-7zik: Crystal structure of human tryptophan hydroxylase 1 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zik
タイトルCrystal structure of human tryptophan hydroxylase 1 in complex with inhibitor LP533401
要素Tryptophan 5-hydroxylase 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / tryptophan hydroxylase / serotonin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hemostasis / tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / negative regulation of ossification ...regulation of hemostasis / tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / negative regulation of ossification / response to immobilization stress / positive regulation of fat cell differentiation / mammary gland alveolus development / circadian rhythm / neuron projection / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase ...Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-IVN / Tryptophan 5-hydroxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58925907124 Å
データ登録者Schuetz, A. / Heinemann, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Design of Xanthine-Benzimidazole Derivatives as Novel and Potent Tryptophan Hydroxylase Inhibitors.
著者: Specker, E. / Matthes, S. / Wesolowski, R. / Schutz, A. / Grohmann, M. / Alenina, N. / Pleimes, D. / Mallow, K. / Neuenschwander, M. / Gogolin, A. / Weise, M. / Pfeifer, J. / Ziebart, N. / ...著者: Specker, E. / Matthes, S. / Wesolowski, R. / Schutz, A. / Grohmann, M. / Alenina, N. / Pleimes, D. / Mallow, K. / Neuenschwander, M. / Gogolin, A. / Weise, M. / Pfeifer, J. / Ziebart, N. / Heinemann, U. / von Kries, J.P. / Nazare, M. / Bader, M.
履歴
登録2022年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 5-hydroxylase 1
B: Tryptophan 5-hydroxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0556
ポリマ－74,8492
非ポリマー1,2064
水1,36976
1
A: Tryptophan 5-hydroxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0273
ポリマ－37,4251
非ポリマー6032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tryptophan 5-hydroxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0273
ポリマ－37,4251
非ポリマー6032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.09, 57.581, 62.587
Angle α, β, γ (deg.)107.651, 93.143, 90.151
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARGchain 'A'AA104 - 12129 - 46
12ASPASPILEILEchain 'A'AA138 - 39363 - 318
23SERSERARGARGchain 'B'BB104 - 12129 - 46
24ASPASPILEILEchain 'B'BB138 - 39363 - 318

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan 5-hydroxylase 1 / Tryptophan 5-monooxygenase 1


分子量: 37424.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPH1, TPH, TPRH, TRPH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17752, tryptophan 5-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-IVN / (2~{R})-2-azanyl-3-[4-[2-azanyl-6-[(1~{R})-1-[4-chloranyl-2-(3-methylpyrazol-1-yl)phenyl]-2,2,2-tris(fluoranyl)ethoxy]pyrimidin-4-yl]phenyl]propanoic acid


分子量: 546.929 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22ClF3N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27% w/v PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.589→47.01 Å / Num. obs: 18984 / % possible obs: 97.48 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.5385969949 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1845 / Net I/σ(I): 6.77
反射 シェル解像度: 2.59→2.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.7889 / Num. unique obs: 1763

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3hf8

3hf8


解像度: 2.58925907124→47.0095332779 Å / SU ML: 0.402330155809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9696969341 / 位相誤差: 28.2850266987
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259070423425 950 5.00579618506 %
Rwork0.223576011016 18028 -
obs0.225314747862 18978 97.4480102696 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.9885529752 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58925907124→47.0095332779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4445 0 78 76 4599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003368928887014647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7144215203526290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0254068876195662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00350596531477807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6610242861752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5893-2.72580.3627246887591300.3012926341342463X-RAY DIFFRACTION92.9723915382
2.7258-2.89650.3066549818721360.2608422226722590X-RAY DIFFRACTION98.0575539568
2.8965-3.12010.3019969598161370.2655598511022595X-RAY DIFFRACTION97.8860623432
3.1201-3.4340.3026148570931350.2489522811142572X-RAY DIFFRACTION98.1152591519
3.434-3.93070.2480204541121380.2025681534532607X-RAY DIFFRACTION97.6520811099
3.9307-4.95140.2243930727061350.1885024339872580X-RAY DIFFRACTION98.6555232558
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.352028465590.4545182675970.2039256394391.88616262739-0.422415074561.092789960180.0245618859639-0.1852789323340.1350331690280.1625090494250.01739188803270.140231900851-0.01265720069810.03959861518-0.03356608523060.2338837413380.00756432938420.01104865136140.251254069803-0.01567279191520.23530228721810.05803352170.68387949421311.831329889
21.15203174120.1355939688240.6537670558511.805475020570.7303486598421.20951323570.01199807239510.1682429882330.102247026458-0.189289832827-0.0044090497994-0.118478873565-0.0380642674325-0.05192257376640.007353081384780.258060711903-0.003076699817880.03177238292150.2583319958570.01834061380220.273054522938-10.0629184017-28.0921308693-11.4802219647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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