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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zi6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dCK C4S-S74E mutant in complex with UDP and the OR0325 inhibitor | ||||||
![]() | Deoxycytidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saez-Ayala, M. / Ben-Yaala, K. / Betzi, S. / Rebuffet, E. / Morelli, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: From a drug repositioning to a structure-based drug design approach to tackle acute lymphoblastic leukemia. 著者: Saez-Ayala, M. / Hoffer, L. / Abel, S. / Ben Yaala, K. / Sicard, B. / Andrieu, G.P. / Latiri, M. / Davison, E.K. / Ciufolini, M.A. / Bremond, P. / Rebuffet, E. / Roche, P. / Derviaux, C. / ...著者: Saez-Ayala, M. / Hoffer, L. / Abel, S. / Ben Yaala, K. / Sicard, B. / Andrieu, G.P. / Latiri, M. / Davison, E.K. / Ciufolini, M.A. / Bremond, P. / Rebuffet, E. / Roche, P. / Derviaux, C. / Voisset, E. / Montersino, C. / Castellano, R. / Collette, Y. / Asnafi, V. / Betzi, S. / Dubreuil, P. / Combes, S. / Morelli, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zi1C ![]() 7zi2C ![]() 7zi3C ![]() 7zi5C ![]() 7zi7C ![]() 7zi8C ![]() 7zi9C ![]() 7ziaC ![]() 7zibC ![]() 4kcgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32701.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase, 2'-deoxyadenosine kinase, deoxyguanosine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-UDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-JAQ / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.1 M Sodium citrate, 73 mM HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.975631 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→48.53 Å / Num. obs: 17508 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 25.797 % / Biso Wilson estimate: 57.632 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 19.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4KCG 解像度: 2.1→48.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.959 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.41 Å2 / Biso mean: 55.748 Å2 / Biso min: 37.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→48.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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