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万見
- PDB-7z5w: ROS1 with AstraZeneca ligand 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z5w
タイトルROS1 with AstraZeneca ligand 1
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
キーワードTRANSFERASE / Virtual Screening / Potent Selective / ROS1 / Kinase Inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


columnar/cuboidal epithelial cell development / regulation of TOR signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / spermatogenesis / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity ...columnar/cuboidal epithelial cell development / regulation of TOR signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / spermatogenesis / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / cell differentiation / receptor complex / protein phosphorylation / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IDW / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.254 Å
データ登録者Hargreaves, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2022
タイトル: Virtual Screening in the Cloud Identifies Potent and Selective ROS1 Kinase Inhibitors.
著者: Petrovic, D. / Scott, J.S. / Bodnarchuk, M.S. / Lorthioir, O. / Boyd, S. / Hughes, G.M. / Lane, J. / Wu, A. / Hargreaves, D. / Robinson, J. / Sadowski, J.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3356
ポリマ－75,3022
非ポリマー1,0334
水1,946108
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1683
ポリマ－37,6511
非ポリマー5172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1683
ポリマ－37,6511
非ポリマー5172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.700, 41.340, 85.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS / Proto-oncogene c-Ros / Proto-oncogene c-Ros-1 / Receptor tyrosine kinase c-ros oncogene 1 / c-Ros ...Proto-oncogene c-Ros / Proto-oncogene c-Ros-1 / Receptor tyrosine kinase c-ros oncogene 1 / c-Ros receptor tyrosine kinase


分子量: 37650.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROS1, MCF3, ROS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08922, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-IDW / ~{N}-[6-methyl-2-[(2~{S})-2-[3-(3-methylpyrazin-2-yl)-1,2-oxazol-5-yl]pyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]-1,3-thiazol-2-amine


分子量: 420.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N8OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: plate like
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.66
詳細: 11% peg3350, 200mM AmSO4, PCTP 100mM pH 6.66. Grown in 15well plate. Seeded with previous crystals. ATP/Mg 10mM

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→42.77 Å / Num. obs: 25992 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 0.998
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 1.339 / Num. unique obs: 1817

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (24-FEB-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UXL

4uxl


解像度: 2.254→42.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.373 / SU Rfree Blow DPI: 0.254 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.259
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2755 1300 5 %RANDOM
Rwork0.2232 ---
obs0.2258 25983 99.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 99.79 Å2 / Biso mean: 62.52 Å2 / Biso min: 39.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8132 Å20 Å22.6803 Å2
2--1.6156 Å20 Å2
3---2.1975 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.254→42.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4342 0 70 108 4520
Biso mean--57.3 61.4 -
残基数----543
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1563SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes747HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4520HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion564SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3688SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4520HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6135HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.35
LS精密化 シェル解像度: 2.254→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3454 26 5 %
Rwork0.3214 494 -
obs--80.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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