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万見
- PDB-7z5j: The molybdenum storage protein loaded with tungstate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z5j
タイトルThe molybdenum storage protein loaded with tungstate
要素(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Metal storage protein / polytungstate / Keggin ion / EM
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / tungstate cluster / Chem-IV9 / W11-O35 cluster / W8-O26 cluster / W10-O37 cluster / W3-O10 cluster / MOLYBDATE ION / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Ermler, U. / Aziz, I. / Kaltwasser, S. / Kayastha, K. / Vonck, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
引用ジャーナル: J Inorg Biochem / 年: 2022
タイトル: The molybdenum storage protein forms and deposits distinct polynuclear tungsten oxygen aggregates.
著者: Iram Aziz / Susann Kaltwasser / Kanwal Kayastha / Radhika Khera / Janet Vonck / Ulrich Ermler /
要旨: Some N-fixing bacteria store Mo to maintain the formation of the vital FeMo-cofactor dependent nitrogenase under Mo depleting conditions. The Mo storage protein (MoSto), developed for this purpose, ...Some N-fixing bacteria store Mo to maintain the formation of the vital FeMo-cofactor dependent nitrogenase under Mo depleting conditions. The Mo storage protein (MoSto), developed for this purpose, has the unique capability to compactly deposit molybdate as polyoxometalate (POM) clusters in a (αβ) hexameric cage; the same occurs with the physicochemically related tungstate. To explore the structural diversity of W-based POM clusters, MoSto loaded under different conditions with tungstate and two site-specifically modified MoSto variants were structurally characterized by X-ray crystallography or single-particle cryo-EM. The MoSto cage contains five major locations for POM clusters occupied among others by heptanuclear, Keggin ion and even Dawson-like species also found in bulk solvent under defined conditions. We found both lacunary derivatives of these archetypical POM clusters with missing WO units at positions exposed to bulk solvent and expanded derivatives with additional WO units next to protecting polypeptide segments or other POM clusters. The cryo-EM map, unexpectedly, reveals a POM cluster in the cage center anchored to the wall by a WO linker. Interestingly, distinct POM cluster structures can originate from identical, highly occupied core fragments of three to seven WO units that partly correspond to those found in MoSto loaded with molybdate. These core fragments are firmly bound to the complementary protein template in contrast to the more variable, less occupied residual parts of the visible POM clusters. Due to their higher stability, W-based POM clusters are, on average, larger and more diverse than their Mo-based counterparts.
履歴
登録2022年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
D: Molybdenum storage protein subunit beta
C: Molybdenum storage protein subunit alpha
F: Molybdenum storage protein subunit beta
E: Molybdenum storage protein subunit alpha
H: Molybdenum storage protein subunit beta
I: Molybdenum storage protein subunit alpha
J: Molybdenum storage protein subunit beta
G: Molybdenum storage protein subunit alpha
L: Molybdenum storage protein subunit beta
K: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,45366
ポリマ－344,95912
非ポリマー59,49454
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area90150 Å2
ΔGint-608 kcal/mol
Surface area86930 Å2
手法PISA

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要素

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Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 12分子 BDFHJLACEIGK

#1: タンパク質
Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28247.582 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
遺伝子: mosB, Avin_43210
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質
Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 29245.582 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
株: DJ / ATCC BAA-1303 / 遺伝子: mosA, Avin_43200
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P84308

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非ポリマー , 9種, 54分子

#3: 化合物
ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-IWL / W11-O35 cluster


分子量: 2582.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: O35W11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-IV9 / 1,1,3,3,5,7,7,9,11,15,15-undecakis($l^{1}-oxidanyl)-2$l^{4},4$l^{3},6$l^{5},8,10,12,14,16,17,18,19$l^{3},20,21,22,23-pentadecaoxa-1$l^{6},3$l^{6},5$l^{6},7$l^{6},9$l^{6},11$l^{6},13$l^{6},15$l^{6}-octatungstapentadecacyclo[7.7.1.1^{1,13}.1^{3,5}.1^{3,15}.1^{5,7}.1^{5,11}.1^{7,11}.0^{2,13}.0^{2,15}.0^{4,13}.0^{6,9}.0^{6,11}.0^{6,13}.0^{9,19}]tricosane


分子量: 1886.704 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: O26W8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-IWO / W8-O26 cluster


分子量: 1886.704 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: O26W8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-IWZ / W10-O37 cluster


分子量: 2430.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O37W10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-IHW / tungstate cluster


分子量: 3869.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O58W16 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-IX3 / W3-O10 cluster


分子量: 711.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O10W3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MoSto dodecamer 2 x (AB)3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.345 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7RELIONモデルフィッティング
13RELIONモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 674283 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 6RKE

6rke


Accession code: 6RKE / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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