PDB-7yqf: Crystal structure of PDE4D complexed with glycyrrhisoflavone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yqf

タイトル

Crystal structure of PDE4D complexed with glycyrrhisoflavone

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE / PDE4D / complex / glycyrrhisoflavone / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Liu, J.Y. / Li, M.J. / Xu, Y.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Bioactive compounds from Huashi Baidu decoction possess both antiviral and anti-inflammatory effects against COVID-19.
著者: Xu, H. / Li, S. / Liu, J. / Cheng, J. / Kang, L. / Li, W. / Zhong, Y. / Wei, C. / Fu, L. / Qi, J. / Zhang, Y. / You, M. / Zhou, Z. / Zhang, C. / Su, H. / Yao, S. / Zhou, Z. / Shi, Y. / Deng, ...

履歴

登録	2022年8月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yqf.cif.gz	276.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yqf.ent.gz	221 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yqf_validation.pdf.gz	554.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yqf_full_validation.pdf.gz	556.8 KB	表示
XML形式データ	7yqf_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	7yqf_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ysxC 7cbqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.570, 80.752, 163.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JN0 / 3-[3-(3-methylbut-2-enyl)-4,5-bis(oxidanyl)phenyl]-5,7-bis(oxidanyl)chromen-4-one / Glycyrrhisoflavone / グリシルリソフラボン分子量: 354.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₈O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10 % (v/v) Isopropanol, 30 % (v/v) Ethylene glycol, 18 %(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.54→54.29 Å / Num. obs: 112761 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 24.2 / Num. measured all: 1393898 / Scaling rejects: 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.54-1.62	9	0.667	15332	0.88	0.229	0.708	93.7
4.86-28.39	13.1	0.028	3919	1		0.029	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.01 Å	47.04 Å
Translation	5.01 Å	47.04 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
SCALA	0.7.4	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CBQ

7cbq

解像度: 1.54→28.39 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	5621	4.99 %
R_work	0.2159	107020	-
obs	0.2172	112641	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.4 Å² / B_iso mean: 32.7623 Å² / B_iso min: 9.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.54→28.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5068	0	72	243	5383
B_iso mean	-	-	39.37	33.29	-
残基数	-	-	-	-	639

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.54-1.55	0.2828	184	0.2793	3040	3224	85
1.55-1.57	0.303	173	0.2626	3264	3437	92
1.57-1.59	0.271	182	0.2489	3346	3528	95
1.59-1.61	0.2736	186	0.2418	3497	3683	98
1.61-1.63	0.267	164	0.2406	3594	3758	100
1.63-1.66	0.2806	193	0.2412	3542	3735	100
1.66-1.68	0.3023	168	0.2427	3591	3759	100
1.68-1.7	0.2709	206	0.2448	3531	3737	100
1.7-1.73	0.2799	178	0.2429	3568	3746	100
1.73-1.76	0.295	196	0.2336	3548	3744	100
1.76-1.79	0.2549	195	0.2263	3546	3741	100
1.79-1.82	0.2676	186	0.2263	3586	3772	100
1.82-1.86	0.2632	169	0.2374	3614	3783	100
1.86-1.9	0.2931	182	0.2335	3535	3717	100
1.9-1.94	0.2643	162	0.2419	3613	3775	100
1.94-1.98	0.2993	195	0.2305	3609	3804	100
1.98-2.03	0.2303	192	0.223	3570	3762	100
2.03-2.09	0.2453	193	0.2201	3569	3762	100
2.09-2.15	0.2474	184	0.2099	3613	3797	100
2.15-2.22	0.2503	191	0.2186	3605	3796	100
2.22-2.3	0.2632	199	0.2186	3602	3801	100
2.3-2.39	0.2399	189	0.2174	3600	3789	100
2.39-2.5	0.2294	174	0.2156	3629	3803	100
2.5-2.63	0.2352	192	0.223	3623	3815	100
2.63-2.79	0.2303	201	0.2141	3608	3809	100
2.79-3.01	0.2286	182	0.2208	3660	3842	100
3.01-3.31	0.2569	196	0.216	3641	3837	100
3.31-3.79	0.2397	189	0.2056	3689	3878	100
3.79-4.77	0.2096	208	0.1859	3722	3930	100
4.77-28.39	0.2255	212	0.2085	3865	4077	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8246	1.8285	0.0271	7.9523	-1.3955	5.0002	0.1613	0.5305	0.362	-0.9199	-0.0947	0.2092	-0.4093	-0.1768	-0.056	0.3115	0.0683	0.0176	0.2173	0.0108	0.1621	10.6369	12.4243	12.9135
2	1.8878	-0.3383	-0.6212	1.5653	0.4477	2.2599	0.0858	0.0834	0.1604	-0.1295	-0.0546	0.1588	-0.2627	-0.1643	-0.03	0.1407	0.0195	-0.0001	0.1014	0.0046	0.1398	8.0912	11.6183	27.2353
3	4.4498	-1.4345	-0.058	2.1798	-0.6112	5.4029	-0.0686	-0.1739	0.0558	0.0609	0.0674	-0.3094	-0.0511	0.5653	0.0037	0.1306	-0.0289	0.0007	0.1678	-0.0083	0.1962	28.8176	6.0266	38.6561
4	3.407	-1.6454	-0.3169	2.4596	-0.2454	1.6921	0.0676	-0.137	0.1303	0.0949	-0.0406	0.0793	-0.2518	-0.0608	-0.0154	0.1389	-0.0172	0.0092	0.115	-0.0199	0.1132	10.7335	13.2138	39.3638
5	1.0537	0.0056	-0.9283	2.5195	-0.0531	3.291	-0.0974	-0.0597	-0.272	0.2854	-0.0185	0.363	0.3917	-0.2636	0.1043	0.2016	-0.0407	0.0425	0.137	0.0124	0.2474	7.2501	-6.9488	33.2621
6	4.8109	-0.0226	2.9187	1.7201	0.3968	4.3735	0.0485	0.1402	0.0735	-0.1833	0.0129	-0.2758	-0.0107	0.6855	-0.0568	0.1609	-0.0041	0.0618	0.2245	0.0041	0.1837	29.5017	1.5627	20.4276
7	8.504	5.6829	3.9904	4.0798	3.794	4.0881	0.0586	0.156	-0.5166	0.1598	0.2608	-0.6231	0.3307	0.6564	-0.311	0.2427	0.0888	-0.0052	0.2931	0.0342	0.3824	32.7685	-7.0107	23.7842
8	4.8271	1.7311	-0.5398	2.8676	0.1098	4.4117	-0.0672	0.1103	-0.5782	0.1514	-0.1851	0.3193	0.8245	-0.4527	0.2099	0.3001	-0.0694	0.0625	0.1551	-0.0487	0.2535	8.1285	-10.9725	25.1222
9	8.0874	-2.8311	-2.8487	4.7895	-0.3777	7.25	-0.1499	0.3614	-0.773	-0.0601	-0.2938	0.054	0.7843	0.1424	0.4598	0.2788	0.0093	0.0207	0.1299	-0.0108	0.1839	17.126	-11.7	13.7119
10	1.9914	0.2232	-2.1088	1.2652	-0.5382	3.669	-0.2578	-0.8909	-0.0315	0.2576	0.1943	-0.3778	0.6408	1.684	0.0289	0.3568	0.3409	-0.0788	0.7927	-0.0594	0.2808	35.9344	4.7564	69.3009
11	3.614	-0.5327	-0.0766	2.8675	0.5283	4.9799	-0.1052	0.0802	0.2593	-0.0179	0.2079	-0.2665	-0.0528	0.2417	-0.0752	0.1364	0.0044	0.0093	0.136	-0.0236	0.14	26.4621	10.6321	53.9901
12	1.2201	-0.0276	0.5043	3.0424	-0.6428	1.1755	-0.8386	0.2055	-0.34	0.0997	0.4313	0.0867	1.4198	0.0431	0.3843	0.737	0.0971	0.1893	0.2191	-0.0468	0.2801	24.5871	-7.6002	57.3902
13	2.5877	0.1845	-3.2428	0.6269	-0.1384	5.7672	-0.1703	0.0393	0.0205	-0.0507	0.0615	0.0139	0.6402	-0.0669	0.0899	0.3892	0.0803	-0.0094	0.191	-0.0153	0.1798	15.3127	2.947	72.4778

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 88 through 116 )	A	88 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 199 )	A	117 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 227 )	A	200 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 228 through 271 )	A	228 - 271
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 272 through 325 )	A	272 - 325
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 326 through 349 )	A	326 - 349
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 350 through 375 )	A	350 - 375
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 376 through 392 )	A	376 - 392
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 393 through 410 )	A	393 - 410
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 88 through 199 )	B	88 - 199
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 200 through 253 )	B	200 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 254 through 302 )	B	254 - 302
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 303 through 410 )	B	303 - 410

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 254分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 254分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 254分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)