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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ycc | ||||||
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タイトル | KRas G12C in complex with Compound 5c | ||||||
要素 | Isoform 2B of GTPase KRas | ||||||
キーワード | ONCOPROTEIN/INHIBITOR / ONCOPROTEIN-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-IQC / Isoform 2B of GTPase KRas 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Amano, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Discovery and biological evaluation of 1-{2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}prop-2-en-1-one derivatives as covalent inhibitors of KRAS G12C with favorable metabolic stability and anti-tumor activity. 著者: Imaizumi, T. / Akaiwa, M. / Abe, T. / Nigawara, T. / Koike, T. / Satake, Y. / Watanabe, K. / Kaneko, O. / Amano, Y. / Mori, K. / Yamanaka, Y. / Nagashima, T. / Shimazaki, M. / Kuramoto, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ycc.cif.gz | 122.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ycc.ent.gz | 93.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ycc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ycc_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ycc_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ycc_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ycc_validation.cif.gz | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7ycc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7ycc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7yceC 4l8gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19358.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, ammonium sulfate, PEG550MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 53071 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 2.835 / Net I/σ(I): 17.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4L8G 解像度: 1.79→33.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.211 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.77 Å2 / Biso mean: 35.302 Å2 / Biso min: 14.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.79→33.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.794→1.841 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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