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万見
- PDB-7y4k: Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y4k
タイトルCrystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanyl-N6-((benzyloxy)carbonyl)-L-ornitine
要素Ricin A chain
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil ...Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Katakura, S. / Goto, M. / Ohba, T. / Kawata, R. / Nagatsu, K. / Higashi, S. / Matsumoto, K. / Kurisu, K. / Ohtsuka, K. / Saito, R.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K05699 日本
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2022
タイトル: Pterin-based small molecule inhibitor capable of binding to the secondary pocket in the active site of ricin-toxin A chain.
著者: Saito, R. / Goto, M. / Katakura, S. / Ohba, T. / Kawata, R. / Nagatsu, K. / Higashi, S. / Kurisu, K. / Matsumoto, K. / Ohtsuka, K.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7494
ポリマ－30,8971
非ポリマー8523
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.639, 67.639, 141.079
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Ricin A chain / rRNA N-glycosidase


分子量: 30896.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-JKU / (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-5-(phenylmethoxycarbonylamino)pentanoic acid


タイプ: peptide-like / 分子量: 659.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H33N9O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→60.991 Å / Num. all: 36955 / Num. obs: 36955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.054 / Net I/av σ(I): 10.6 / Net I/σ(I): 27.9 / Num. measured all: 462557
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.7910.50.74915549852690.2410.7880.7493.3100
1.79-1.913.30.4891.66658950100.1390.5080.4895.7100
1.9-2.0312.80.2712.96048247310.0790.2820.2719.9100
2.03-2.1913.10.164.85800044220.0460.1670.1616.1100
2.19-2.412.80.1067.25240140890.0310.1110.10623100
2.4-2.6912.90.07110.64782836960.020.0730.07132100
2.69-3.112.80.04515.54256133160.0130.0470.04547.3100
3.1-3.812.90.03119.93639228290.0090.0320.03170.6100
3.8-5.3812.20.02622.32729222450.0080.0270.02685.2100
5.38-45.29611.50.02261551413480.0060.0210.0280.899.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HUO

4huo


解像度: 1.7→48.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.134 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1848 5 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2081 35025 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.4 Å2 / Biso mean: 26.522 Å2 / Biso min: 15.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→48.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 0 25 251 2303
Biso mean--29.18 38.98 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.9642923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7085270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.37623.01103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51115320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7051520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211679
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 137 -
Rwork0.261 2521 -
all-2658 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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