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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xef | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Y53F/N55A mutant of LEH complexed with (R)-(1-benzyl-3-phenylpyrrolidin-3-yl)methanol | ||||||
要素 | Limonene-1,2-epoxide hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / limonene-1 / 2-epoxide hydrolase / mutant / Rhodococcus erythropolis | ||||||
機能・相同性 | limonene-1,2-epoxide hydrolase / limonene-1,2-epoxide hydrolase activity / Limonene-1,2-epoxide hydrolase / Limonene-1,2-epoxide hydrolase catalytic domain / NTF2-like domain superfamily / Chem-D0I / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Limonene-1,2-epoxide hydrolase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus erythropolis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.816 Å | ||||||
データ登録者 | Qu, G. / Li, X. / Sun, Z.T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Rational enzyme design for enabling biocatalytic Baldwin cyclization and asymmetric synthesis of chiral heterocycles. 著者: Li, J.K. / Qu, G. / Li, X. / Tian, Y. / Cui, C. / Zhang, F.G. / Zhang, W. / Ma, J.A. / Reetz, M.T. / Sun, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xef.cif.gz | 151.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xef.ent.gz | 116.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xef.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xef_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xef_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xef_validation.xml.gz | 31.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xef_validation.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xef | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 17304.434 Da / 分子数: 4 / 変異: Y53F,N55A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 遺伝子: limA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZAG3, limonene-1,2-epoxide hydrolase |
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-非ポリマー , 5種, 719分子
#2: 化合物 | ChemComp-D0I / [( #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NaCl, BIS-TRIS pH5.5, Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.816→43.7 Å / Num. obs: 45725 / % possible obs: 93.76 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.13 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.816→1.881 Å / Num. unique obs: 4212 / CC1/2: 0.94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NWW 解像度: 1.816→43.7 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 19.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.93 Å2 / Biso mean: 14.633 Å2 / Biso min: 2.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.816→43.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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