+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x2u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a human NHE3-CHP1 complex in the autoinhibited state | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Sodium/proton antiporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of sodium:proton antiporter activity / Sodium/Proton exchangers / negative regulation of phosphatase activity / transporter complex / positive regulation of protein glycosylation / Hyaluronan uptake and degradation / membrane docking / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / negative regulation of protein autophosphorylation / potassium:proton antiporter activity ...positive regulation of sodium:proton antiporter activity / Sodium/Proton exchangers / negative regulation of phosphatase activity / transporter complex / positive regulation of protein glycosylation / Hyaluronan uptake and degradation / membrane docking / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / negative regulation of protein autophosphorylation / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / positive regulation of protein transport / cellular response to acidic pH / membrane organization / sodium ion import across plasma membrane / microtubule bundle formation / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of protein import into nucleus / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein kinase inhibitor activity / brush border / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / potassium channel regulator activity / positive regulation of protein targeting to membrane / monoatomic ion transport / cytoplasmic microtubule organization / transport vesicle / potassium ion transmembrane transport / negative regulation of protein ubiquitination / protein export from nucleus / negative regulation of protein phosphorylation / PDZ domain binding / regulation of intracellular pH / brush border membrane / negative regulation of protein kinase activity / potassium ion transport / kinase binding / calcium-dependent protein binding / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / membrane => GO:0016020 / membrane fusion / protein stabilization / membrane raft / apical plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, Y. / Li, H. / Gao, Y. / Zhang, X.C. / Zhao, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure of a human NHE3-CHP1 complex in the autoinhibited state 著者: Dong, Y. / Li, H. / Ilie, A. / Gao, Y. / Boucher, A. / Zhang, X.C. / Orlowski, J. / Zhao, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x2u.cif.gz | 274.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7x2u.ent.gz | 215.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x2u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x2u_validation.pdf.gz | 1023.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7x2u_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x2u_validation.xml.gz | 46 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x2u_validation.cif.gz | 67.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/7x2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/7x2u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32971MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70537.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9A3, NHE3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48764 #2: タンパク質 | 分子量: 21411.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHP1, CHP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99653 #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PGT / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human NHE3-CHP1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 22000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 12000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37572 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|