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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wux | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of AziU3/U2 complexed with (5S,6S)-O7-sulfo DADH from Streptomyces sahachiroi | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / ES Complex / New Fold / Aziridine synthase / Azinomycin B | ||||||||||||
機能・相同性 | Butirosin biosynthesis protein H, N-terminal / Butirosin biosynthesis protein H, N-terminal / Chem-6OI / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / TRIETHYLENE GLYCOL / Azi28 / Azi29 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Streptomyces sahachiroi (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kurosawa, S. / Yoshida, A. / Tomita, T. / Nishiyama, M. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022 タイトル: Molecular Basis for Enzymatic Aziridine Formation via Sulfate Elimination. 著者: Kurosawa, S. / Hasebe, F. / Okamura, H. / Yoshida, A. / Matsuda, K. / Sone, Y. / Tomita, T. / Shinada, T. / Takikawa, H. / Kuzuyama, T. / Kosono, S. / Nishiyama, M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wux.cif.gz | 427.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wux.ent.gz | 334.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wux_validation.pdf.gz | 967.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wux_full_validation.pdf.gz | 976.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wux_validation.xml.gz | 47.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wux_validation.cif.gz | 72.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wux | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wuwC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25401.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア) プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: B4XYC0 #2: タンパク質 | 分子量: 38937.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア) プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: B4XYC1 |
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-非ポリマー , 5種, 1082分子
#3: 化合物 | ChemComp-PGE / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-P4G / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium formic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→48.873 Å / Num. obs: 106322 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Num. unique obs: 5231 / CC1/2: 0.965 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.283 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.873 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.121 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.828 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.873 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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