PDB-7wux: Crystal structure of AziU3/U2 complexed with (5S,6S)-O7-sulfo DAD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wux

タイトル

Crystal structure of AziU3/U2 complexed with (5S,6S)-O7-sulfo DADH from Streptomyces sahachiroi

要素

AziU2
AziU3

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / ES Complex / New Fold / Aziridine synthase / Azinomycin B

機能・相同性

Butirosin biosynthesis protein H, N-terminal / Butirosin biosynthesis protein H, N-terminal / Chem-6OI / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / TRIETHYLENE GLYCOL / Azi28 / Azi29

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sahachiroi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kurosawa, S. / Yoshida, A. / Tomita, T. / Nishiyama, M.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Molecular Basis for Enzymatic Aziridine Formation via Sulfate Elimination.
著者: Kurosawa, S. / Hasebe, F. / Okamura, H. / Yoshida, A. / Matsuda, K. / Sone, Y. / Tomita, T. / Shinada, T. / Takikawa, H. / Kuzuyama, T. / Kosono, S. / Nishiyama, M.

履歴

登録	2022年2月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wux.cif.gz	427.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wux.ent.gz	334.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wuwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AziU2

B: AziU2

C: AziU3

D: AziU3

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.872, 131.756, 157.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	AziU2 / Azi28 分子量: 25401.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア) プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: B4XYC0
#2: タンパク質	AziU3 / Azi29 分子量: 38937.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア) プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: B4XYC1

-
非ポリマー , 5種, 1082分子

#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-6OI / (2S,5S,6S)-2,6-bis(azanyl)-5-oxidanyl-7-sulfooxy-heptanoic acid 分子量: 272.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆N₂O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1075 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium formic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.873 Å / Num. obs: 106322 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Num. unique obs: 5231 / CC_1/2: 0.965 / R_pim(I) all: 0.11 / R_rim(I) all: 0.283

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.873 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.121 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1934	5387	5.071 %
R_work	0.1637	100854	-
all	0.165	-	-
obs	-	106241	99.486 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.828 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.603 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.278 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.881 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.873 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8153	0	58	1075	9286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	8518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	7795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.196	1.64	11665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.214	1.571	17863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.563	5	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.135	19.896	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.654	15	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.785	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	7565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	890
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.021	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.009	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.616	1.915	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.615	1.915	4247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.026	2.867	5311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.026	2.868	5312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.762	1.996	4270
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.762	1.996	4271
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.258	2.963	6345
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.258	2.963	6346
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.317	23.309	9777
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.315	23.291	9772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.225	388	0.192	7357	X-RAY DIFFRACTION	98.9776
1.847-1.897	0.224	424	0.184	7142	X-RAY DIFFRACTION	99.1482
1.897-1.952	0.206	356	0.178	7035	X-RAY DIFFRACTION	99.7975
1.952-2.012	0.231	357	0.179	6761	X-RAY DIFFRACTION	99.3857
2.012-2.078	0.21	350	0.173	6558	X-RAY DIFFRACTION	99.3242
2.078-2.151	0.193	343	0.169	6374	X-RAY DIFFRACTION	99.3492
2.151-2.233	0.194	318	0.166	6206	X-RAY DIFFRACTION	99.4361
2.233-2.324	0.2	296	0.155	5932	X-RAY DIFFRACTION	99.6321
2.324-2.427	0.177	316	0.153	5703	X-RAY DIFFRACTION	99.4547
2.427-2.545	0.209	272	0.161	5496	X-RAY DIFFRACTION	99.6889
2.545-2.683	0.218	282	0.164	5205	X-RAY DIFFRACTION	99.4923
2.683-2.846	0.193	261	0.157	4943	X-RAY DIFFRACTION	99.6362
2.846-3.042	0.19	262	0.168	4681	X-RAY DIFFRACTION	99.7578
3.042-3.286	0.214	219	0.174	4340	X-RAY DIFFRACTION	99.803
3.286-3.599	0.193	221	0.166	4014	X-RAY DIFFRACTION	99.835
3.599-4.024	0.178	207	0.149	3627	X-RAY DIFFRACTION	99.3007
4.024-4.646	0.146	175	0.138	3252	X-RAY DIFFRACTION	99.7381
4.646-5.689	0.166	161	0.156	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.9317
5.689-8.04	0.205	115	0.177	2179	X-RAY DIFFRACTION	99.3504
8.04-48.873	0.183	64	0.18	1283	X-RAY DIFFRACTION	98.8261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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