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- PDB-7wqq: Retinoic acid receptor alpha mutant - N299H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wqq
タイトルRetinoic acid receptor alpha mutant - N299H
要素
  • Peptide from Nuclear receptor coactivator 1
  • Retinoic acid receptor alpha
キーワードGENE REGULATION / Nuclear receptor / retinoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / glandular epithelial cell development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / growth plate cartilage development / negative regulation of granulocyte differentiation ...Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / glandular epithelial cell development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / growth plate cartilage development / negative regulation of granulocyte differentiation / prostate gland development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / retinoic acid-responsive element binding / negative regulation of cartilage development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / retinoic acid binding / outflow tract septum morphogenesis / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / TGFBR3 expression / response to vitamin A / heterocyclic compound binding / limb development / apoptotic cell clearance / ureteric bud development / Signaling by Retinoic Acid / regulation of myelination / DNA-binding transcription repressor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / protein kinase A binding / male mating behavior / hypothalamus development / positive regulation of interleukin-4 production / face development / germ cell development / alpha-actinin binding / negative regulation of type II interferon production / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to estrogen stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / retinoic acid receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of cell cycle / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / lactation / : / positive regulation of adipose tissue development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / response to cytokine / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / negative regulation of miRNA transcription / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / neural tube closure / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / SUMOylation of intracellular receptors / liver development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / female pregnancy / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / regulation of synaptic plasticity / chromatin DNA binding / mRNA 5'-UTR binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / transcription coactivator binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / multicellular organism growth
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5Z6 / Retinoic acid receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Huang, X.X. / Ng, L.M. / Teh, B.T.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Other governmentOFIRG16may055 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Effects of breast fibroepithelial tumor associated retinoic acid receptor alpha ligand binding domain mutations on receptor function and retinoid signaling
著者: Huang, X.X. / Ng, L.M. / Teh, B.T.
履歴
登録2022年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor alpha
C: Peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1073
ポリマ－31,7432
非ポリマー3641
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.915, 64.979, 49.205
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-657-

HOH

21A-674-

HOH

31A-710-

HOH

41A-713-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor alpha / RAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 1


分子量: 30150.787 Da / 分子数: 1 / 変異: N299H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RARA, NR1B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10276
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Nuclear receptor coactivator 1


分子量: 1591.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-5Z6 / 4-[(E)-3-(3,5-ditert-butylphenyl)-3-oxidanylidene-prop-1-enyl]benzoic acid


分子量: 364.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05M Bis-Tris Propane pH 5.0, 0.05M Citric acid, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 20866 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.657 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 59454
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.88-1.951.60.68314800.5520.6010.9130.36369.1
1.95-2.0320.50220870.6250.4110.6520.43294.9
2.03-2.122.60.39721520.7810.2960.4980.4699.4
2.12-2.2330.29921600.8840.2030.3630.459100
2.23-2.373.20.25121540.9270.1630.30.56299.9
2.37-2.553.30.18621830.9560.1190.2210.60499.9
2.55-2.813.30.12621720.9770.0810.150.68399.4
2.81-3.213.20.07221630.9920.0480.0870.69898.8
3.21-4.0530.04121570.9970.0290.0510.88197.6
4.05-502.90.0321580.9980.0210.0371.06496.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KMR

3kmr


解像度: 1.9→32.52 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 21.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 1838 9.53 %
Rwork0.166 17450 -
obs0.1699 19288 90.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.3 Å2 / Biso mean: 38.6659 Å2 / Biso min: 14.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→32.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1882 0 54 142 2078
Biso mean--25.8 39.76 -
残基数----237
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.950.342810.303880388455
1.95-2.010.31381110.25381105121675
2.01-2.070.25211390.21251273141286
2.07-2.150.24821380.18351335147390
2.15-2.230.20921490.16981385153494
2.23-2.340.2081470.15131396154394
2.34-2.460.18781490.14871420156996
2.46-2.610.19461550.15381444159997
2.61-2.810.21031520.16471433158598
2.81-3.10.25671530.16021458161198
3.1-3.540.21111520.16891455160798
3.54-4.460.16021540.14361459161397
4.47-32.520.18971580.16631484164297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.60361.30240.35092.1786-1.23322.4868-0.1607-0.41310.71761.07160.1027-0.3078-0.5532-0.16240.12470.41480.0691-0.04160.3608-0.07790.354529.789916.257520.652
22.27470.28071.05071.0030.08062.8024-0.05510.0278-0.17810.11340.22320.02630.26190.2398-0.23340.20980.01470.01510.26-0.00640.198939.4092-8.944814.2089
32.695-2.4059-1.29368.6032.94643.4656-0.079-0.1305-0.19160.6344-0.06390.08820.2361-0.19490.15180.2083-0.01150.01340.2410.05220.196226.9761-6.183516.2385
43.8461-0.5454-0.22171.48870.2531.9081-0.032-0.03940.13680.01080.03120.2615-0.1482-0.1770.00550.19820.02580.01410.18150.02310.172421.44864.668412.2111
52.60680.2973-0.13242.6415-0.44191.9524-0.00250.04660.06130.03660.0236-0.0012-0.08090.1559-0.02210.14720.00080.01310.2008-0.01930.14339.379-4.93635.7823
67.28580.32942.17983.16930.31012.19410.18540.1679-0.15330.0053-0.0432-0.12750.1440.1851-0.13580.20960.0541-0.01270.1950.03190.224123.875310.50658.8078
74.70550.97051.00434.49580.09812.8538-0.23610.4150.5808-0.20640.1454-0.4419-0.39950.17830.04390.3808-0.008-0.03450.20640.01820.397129.005120.21798.5251
82.20191.87930.422.48840.93971.2786-0.13190.25360.1279-0.32840.2574-0.0033-0.1465-0.0286-0.11670.21940.01110.00360.27670.02420.246227.66481.71780.4306
91.47230.4551-0.04235.27662.74124.87770.038-0.2492-0.487-0.1065-0.28110.26270.5027-0.08660.18820.2697-0.02040.03430.30480.10130.400819.554-12.398210.3742
109.58844.24362.85443.42593.82516.8010.1857-0.87790.11480.2644-0.71031.37940.4104-0.39770.53780.30830.02250.07720.47080.09930.589212.7984-2.23420.0852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 181 through 198 )A181 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 199 through 221 )A199 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 222 through 245 )A222 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 246 through 276 )A246 - 276
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 277 through 319 )A277 - 319
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 320 through 344 )A320 - 344
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 345 through 372 )A345 - 372
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 373 through 400 )A373 - 400
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 401 through 414 )A401 - 414
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 632 through 640 )C632 - 640

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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