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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wpn | |||||||||
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タイトル | Methionyl-tRNA synthetase from Staphylococcus aureus complexed with a phenylbenzimidazole inhibitor and ATP | |||||||||
![]() | Methionine--tRNA ligase | |||||||||
![]() | LIGASE/INHIBITOR / LIGASE-INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yi, J. / Cai, Z. / Qiu, H. / Lu, F. / Chen, B. / Luo, Z. / Gu, Q. / Xu, J. / Zhou, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fragment screening and structural analyses highlight the ATP-assisted ligand binding for inhibitor discovery against type 1 methionyl-tRNA synthetase. 著者: Yi, J. / Cai, Z. / Qiu, H. / Lu, F. / Luo, Z. / Chen, B. / Gu, Q. / Xu, J. / Zhou, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7wpiC ![]() 7wpjC ![]() 7wpkC ![]() 7wplC ![]() 7wpmSC ![]() 7wptC ![]() 7wpxC ![]() 7wq0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 61103.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: COL / 遺伝子: metG / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 32分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/29I.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/29I.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ATP / |
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#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-29I / ( |
#5: 化合物 | ChemComp-ACY / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium cacodylate, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→61.13 Å / Num. obs: 20367 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2082 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7WPM 解像度: 2.4→61.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 9.511 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.574 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.24 Å2 / Biso mean: 21.865 Å2 / Biso min: 7.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→61.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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