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万見
- PDB-7wlm: The Cryo-EM structure of siphonaxanthin chlorophyll a/b type ligh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wlm
タイトルThe Cryo-EM structure of siphonaxanthin chlorophyll a/b type light-harvesting complex II
要素siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II
キーワードPHOTOSYNTHESIS / light-harvesting complex II / siphonaxanthin / Chlorophyll b replacement / blue-green utilization
機能・相同性Siphonaxanthin / Siphonein / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-NEX
機能・相同性情報
生物種Codium fragile (ミル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seki, S. / Nakaniwa, T. / Castro-Hartmann, P. / Sader, K. / Kawamoto, A. / Tanaka, H. / Qian, P. / Kurisu, G. / Fujii, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Other privateSasakura Enviro-Science Foundation 2020
引用ジャーナル: BBA Adv / 年: 2022
タイトル: Structural insights into blue-green light utilization by marine green algal light harvesting complex II at 2.78 Å.
著者: Soichiro Seki / Tetsuko Nakaniwa / Pablo Castro-Hartmann / Kasim Sader / Akihiro Kawamoto / Hideaki Tanaka / Pu Qian / Genji Kurisu / Ritsuko Fujii /
要旨: Light-harvesting complex II (LHCII) present in plants and green algae absorbs solar energy to promote photochemical reactions. A marine green macroalga, , exhibits the unique characteristic of ...Light-harvesting complex II (LHCII) present in plants and green algae absorbs solar energy to promote photochemical reactions. A marine green macroalga, , exhibits the unique characteristic of absorbing blue-green light from the sun during photochemical reactions while being underwater owing to the presence of pigment-altered LHCII called siphonaxanthin-chlorophyll binding protein (SCP). In this study, we determined the structure of SCP at a resolution of 2.78 Å using cryogenic electron microscopy. SCP has a trimeric structure, wherein each monomer containing two lutein and two chlorophyll molecules in the plant-type LHCII are replaced by siphonaxanthin and its ester and two chlorophyll molecules, respectively. Siphonaxanthin occupies the binding site in SCP having a polarity in the trimeric inner core, and exhibits a distorted conjugated chain comprising a carbonyl group hydrogen bonded to a cysteine residue of apoprotein. These features suggest that the siphonaxanthin molecule is responsible for the characteristic green absorption of SCP. The replaced chlorophyll molecules extend the region of the stromal side chlorophyll cluster, spanning two adjacent monomers.
履歴
登録2022年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II
B: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II
C: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,87054
ポリマ－72,5703
非ポリマー43,29951
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II


分子量: 24190.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Codium fragile (ミル) / 株: KU-0654

-
非ポリマー , 7種, 105分子

#2: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#4: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#5: 化合物 ChemComp-0UR / Siphonein


分子量: 781.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H76O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-0IE / Siphonaxanthin / シホナキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: siphonaxanthin chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.119 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Codium fragile (ミル)
緩衝液pH: 8.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMtrishydroxylmethylaminomethaneC4H11NO31
20.03 %n-Dodecyl-beta-D-maltosideC24H46O111
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50.75 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 8935
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13Coot0.9.4.1モデル精密化
14PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2336076
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250633 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1RWT

1rwt


PDB chain-ID: B / Accession code: 1RWT / Pdb chain residue range: 14-231 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0117722
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0311103
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.8942997
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045867
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052637

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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