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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wit | ||||||
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タイトル | Structure of SUR1 in complex with mitiglinide | ||||||
要素 | ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / SUR1 / KATP / channel / mitiglinide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP sensitive Potassium channels / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / Regulation of insulin secretion / ABC-family proteins mediated transport / Ion homeostasis / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / nervous system process ...ATP sensitive Potassium channels / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / Regulation of insulin secretion / ABC-family proteins mediated transport / Ion homeostasis / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / nervous system process / ankyrin binding / response to ATP / potassium ion import across plasma membrane / negative regulation of insulin secretion / ABC-type transporter activity / regulation of membrane potential / potassium ion transport / glucose metabolic process / transmembrane transporter binding / membrane => GO:0016020 / response to xenobiotic stimulus / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Mesocricetus auratus (ネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, L. / Wang, M.M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2022 タイトル: Structural Insights Into the High Selectivity of the Anti-Diabetic Drug Mitiglinide. 著者: Mengmeng Wang / Jing-Xiang Wu / Lei Chen / 要旨: Mitiglinide is a highly selective fast-acting anti-diabetic drug that induces insulin secretion by inhibiting pancreatic K channels. However, how mitiglinide binds K channels remains unknown. Here, ...Mitiglinide is a highly selective fast-acting anti-diabetic drug that induces insulin secretion by inhibiting pancreatic K channels. However, how mitiglinide binds K channels remains unknown. Here, we show the cryo-EM structure of the SUR1 subunit complexed with mitiglinide. The structure reveals that mitiglinide binds inside the common insulin secretagogue-binding site of SUR1, which is surrounded by TM7, TM8, TM16, and TM17. Mitiglinide locks SUR1 in the NBD-separated inward-facing conformation. The detailed structural analysis of the mitiglinide-binding site uncovers the molecular basis of its high selectivity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wit.cif.gz | 209.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wit.ent.gz | 152.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wit.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wit_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wit_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7wit_validation.xml.gz | 39.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wit_validation.cif.gz | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wit | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32535MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 159439.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fusion protein of potassium channel, linkers and Abcc8 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ), (組換発現) Mesocricetus auratus (ネズミ) 遺伝子: KCNJ11, Abcc8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A2VDS4, UniProt: A0A1U8CME7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#3: 化合物 | ChemComp-9I0 / ( |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Sulfonylurea receptor 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82717 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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