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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wgt | ||||||
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タイトル | X-ray structure of thermostabilized Drosophila dopamine transporter with GABA transporter1-like substitutions in the binding site, in complex with NO711. | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / neurotransmitter transporter / antibody fragment / GABA transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / sleep / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joseph, D. / Penmatsa, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into GABA transport inhibition using an engineered neurotransmitter transporter. 著者: Joseph, D. / Nayak, S.R. / Penmatsa, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 160 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7wgdSC ![]() 7wlwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60144.594 Da / 分子数: 1 変異: Thermostabilizing (V74A, V275A, V311A, L415A, G538L); GAT1 like (F43Y, D46G, A117S, V120L, D121N, F325L, V327S,S422Q, G425T, S426V, E384S) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DAT, fmn, CG8380 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 2種, 2分子 LH
#2: 抗体 | 分子量: 23306.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#3: 抗体 | 分子量: 23619.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 6種, 34分子 ![](data/chem/img/9BC.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-9BC / | ||||||
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#5: 化合物 | ChemComp-CLR / | ||||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 化合物 | ChemComp-Y01 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.51 % / 解説: long rods |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 0.1M Tris Bicine pH8.2, 34% PEG 600, 0.5mM NO711 / PH範囲: 8 - 8.5 / Temp details: cold room 4 to 6 C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream Liq N2 / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→47.42 Å / Num. obs: 56669 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 93.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 318635 / Scaling rejects: 356 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7WGD 解像度: 2.75→47.42 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 160.74 Å2 / Biso mean: 95.1297 Å2 / Biso min: 57.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.75→47.42 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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