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- PDB-7vyp: The structure of GdmN complex with the natural tetrahedral interm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vyp
タイトルThe structure of GdmN complex with the natural tetrahedral intermediate, carbamoylated derivative, and AMP
要素GdmN
キーワードTRANSFERASE / Carbamoylation / Ansamycins antibiotics / Homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / catalytic activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbamoyltransferase / Carbamoyltransferase, C-terminal / Carbamoyltransferase, C-terminal domain superfamily / Carbamoyltransferase N-terminus / Carbamoyltransferase C-terminus / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-82Z / Chem-8CW / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / : / GdmN
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Wei, J. / Zheng, J. / Zhou, J. / Kang, Q. / Bai, L.
資金援助7件
組織認可番号国
Other government2019YFA0905400
Other government2021YFC2100600
Other government31830104
Other government31800023
Other government31801036
Other governmentU1703236
Other government17JC1403600
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Endowing homodimeric carbamoyltransferase GdmN with iterative functions through structural characterization and mechanistic studies.
著者: Wei, J. / Zhang, X. / Zhou, Y. / Cheng, X. / Lin, Z. / Tang, M. / Zheng, J. / Wang, B. / Kang, Q. / Bai, L.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GdmN
B: GdmN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,13826
ポリマ－148,7312
非ポリマー3,40624
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9990 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area44940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.029, 111.029, 231.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GdmN


分子量: 74365.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)
遺伝子: gdmN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84G19

-
非ポリマー , 8種, 94分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸


分子量: 141.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4NO5P
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-82Z / [(5S,6E,8S,9S,12R,13E,15E)-21-chloranyl-12,20-dimethoxy-6,8,16-trimethyl-5-oxidanyl-3,11-bis(oxidanylidene)-2-azabicyclo[16.3.1]docosa-1(21),6,13,15,18(22),19-hexaen-9-yl] carbamate


分子量: 535.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35ClN2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#8: 化合物 ChemComp-8CW / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl [(~{S})-azanyl-[[(5~{S},6~{E},8~{S},9~{S},12~{R},13~{E},15~{E})-21-chloranyl-12,20-dimethoxy-6,8,16-trimethyl-5-oxidanyl-3,11-bis(oxidanylidene)-2-azabicyclo[16.3.1]docosa-1(21),6,13,15,18(22),19-hexaen-9-yl]oxy]-oxidanyl-methyl] hydrogen phosphate


分子量: 882.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H49ClN7O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Lithium sulfate monohydrate, Polyethylene glycol 3,350, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 38176 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 49.6 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.136 / Rsym value: 0.129 / Χ2: 0.907 / Net I/σ(I): 21.167
反射 シェル解像度: 2.88→2.93 Å / Num. unique obs: 1880 / CC1/2: 0.973

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000v716.1データ削減
HKL-3000v716.1データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VEN

3ven


解像度: 2.88→27.76 Å / SU ML: 0.2955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1538
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1845 4.85 %
Rwork0.166 36186 -
obs0.1685 38031 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→27.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10322 0 210 70 10602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008610778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.058114669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05651618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00871924
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.83041521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.88-2.960.26911140.19472755X-RAY DIFFRACTION99.55
2.96-3.050.26281520.18832725X-RAY DIFFRACTION99.9
3.05-3.140.32621460.20842742X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.260.27231250.21062796X-RAY DIFFRACTION99.97
3.26-3.390.29991220.20612741X-RAY DIFFRACTION99.97
3.39-3.540.28191310.17852761X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.730.23161620.17222764X-RAY DIFFRACTION100
3.73-3.960.21321480.16322757X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.260.20491380.15382790X-RAY DIFFRACTION99.93
4.26-4.690.1861550.13622753X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.370.1921480.14862824X-RAY DIFFRACTION99.97
5.37-6.740.20841360.17222839X-RAY DIFFRACTION100
6.74-27.760.14861680.1432939X-RAY DIFFRACTION98.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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