+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vre | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of EGFR T790M/C797S with the inhibitor HCD2892 | ||||||
要素 | Epidermal growth factor receptor | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / EGFR / inhibitor / complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.507 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, S.J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Conformational Constrained 4-(1-Sulfonyl-3-indol)yl-2-phenylaminopyrimidine Derivatives as New Fourth-Generation Epidermal Growth Factor Receptor Inhibitors Targeting T790M/C797S Mutations. 著者: Chen, H. / Lai, M. / Zhang, T. / Chen, Y. / Tong, L. / Zhu, S. / Zhou, Y. / Ren, X. / Ding, J. / Xie, H. / Lu, X. / Ding, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vre.cif.gz | 79.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7vre.ent.gz | 56.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vre.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vre | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7vraC 6j6r S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37460.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-7VH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.65 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 8.5, 40% PEG 400, 0.15 M NaCl, 5 mM tris(2-carboxyethyl)-phosphine (TCEP) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 18001 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.5 % / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 18001 / Rpim(I) all: 0.762 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6J6R 6j6r 解像度: 2.507→25.853 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.63 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.35 Å2 / Biso mean: 69.2874 Å2 / Biso min: 38.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.507→25.853 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|