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万見
- PDB-7vhy: Crystal structure of EP300 HAT domain in complex with compound (+)-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vhy
タイトルCrystal structure of EP300 HAT domain in complex with compound (+)-3
要素Histone acetyltransferase p300
キーワードTRANSFERASE / epigenetics / SBDD / Histone acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / histone H3K122 acetyltransferase activity / peptide butyryltransferase activity ...behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / histone H3K122 acetyltransferase activity / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H2B acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / thigmotaxis / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NGF-stimulated transcription / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / host-mediated activation of viral transcription / TGFBR3 expression / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / platelet formation / regulation of glycolytic process / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / protein-lysine-acetyltransferase activity / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / STAT family protein binding / protein acetylation / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / PI5P Regulates TP53 Acetylation / fat cell differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / RUNX3 regulates p14-ARF / histone acetyltransferase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / canonical NF-kappaB signal transduction / NF-kappaB binding / negative regulation of gluconeogenesis / pre-mRNA intronic binding / Attenuation phase / somitogenesis / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to nutrient levels / histone acetyltransferase activity / skeletal muscle tissue development / histone acetyltransferase / regulation of cellular response to heat / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / : / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of TORC1 signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / negative regulation of autophagy / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / lung development / SUMOylation of transcription cofactors / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest
類似検索 - 分子機能
CREB-binding protein/p300 RING domain / Cysteine Rich Protein / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP ...CREB-binding protein/p300 RING domain / Cysteine Rich Protein / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Ribbon / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6QI / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Takahashi, M. / Hanzawa, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery of EP300/CBP histone acetyltransferase inhibitors through scaffold hopping of 1,4-oxazepane ring.
著者: Kanada, R. / Kagoshima, Y. / Asano, M. / Suzuki, T. / Murata, T. / Haruta, M. / Takahashi, M. / Ubukata, O. / Hashimoto, K. / Obata, K. / Kihara, K. / Kuroha, M. / Banjo, T. / Togashi, N. / ...著者: Kanada, R. / Kagoshima, Y. / Asano, M. / Suzuki, T. / Murata, T. / Haruta, M. / Takahashi, M. / Ubukata, O. / Hashimoto, K. / Obata, K. / Kihara, K. / Kuroha, M. / Banjo, T. / Togashi, N. / Sato, K. / Yamamoto, Y. / Suzuki, K. / Isoyama, T. / Tominaga, Y. / Higuchi, S. / Naito, H.
履歴
登録2021年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase p300
B: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6379
ポリマ－104,8112
非ポリマー8267
水5,585310
1
A: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0355
ポリマ－52,4061
非ポリマー6304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6024
ポリマ－52,4061
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.490, 88.781, 89.949
Angle α, β, γ (deg.)116.580, 99.440, 85.300
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1162 through 1179 or (resid 1180...
21(chain B and (resid 1162 through 1165 or (resid 1166...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1162 through 1179 or (resid 1180...A1162 - 1179
121(chain A and (resid 1162 through 1179 or (resid 1180...A1180 - 1182
131(chain A and (resid 1162 through 1179 or (resid 1180...A1162 - 1
141(chain A and (resid 1162 through 1179 or (resid 1180...A1162 - 1
151(chain A and (resid 1162 through 1179 or (resid 1180...A1162 - 1
161(chain A and (resid 1162 through 1179 or (resid 1180...A1162 - 1
211(chain B and (resid 1162 through 1165 or (resid 1166...B1162 - 1165
221(chain B and (resid 1162 through 1165 or (resid 1166...B1166
231(chain B and (resid 1162 through 1165 or (resid 1166...B1162 - 13
241(chain B and (resid 1162 through 1165 or (resid 1166...B1162 - 13
251(chain B and (resid 1162 through 1165 or (resid 1166...B1162 - 13
261(chain B and (resid 1162 through 1165 or (resid 1166...B1162 - 13

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase p300 / p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone ...p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone crotonyltransferase p300 / Protein 2-hydroxyisobutyryltransferase p300 / Protein lactyltransferas p300 / Protein propionyltransferase p300


分子量: 52405.727 Da / 分子数: 2
断片: (UNP residues 1159-1519)-linker-(UNP residues 1581-1666)
変異: Y1467E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q09472, histone acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-6QI / [(6R)-6-(1H-indazol-4-ylmethyl)-1,4-oxazepan-4-yl]-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopentyl]methanone


分子量: 433.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 15% PEG3350, 0.1 M HEPES (pH7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.9 Å / Num. obs: 50945 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 2.191 % / Biso Wilson estimate: 39.84 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 7.55 / Num. measured all: 111641
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.442.1051.0130.8416024877176130.3711.36986.8
2.44-2.62.2130.7531.2317116826677350.5381.01893.6
2.6-2.812.2080.4791.8916020766972550.7110.64794.6
2.81-3.082.2120.2583.4814730701966600.8970.34894.9
3.08-3.442.2070.1396.2613608644761650.960.18795.6
3.44-3.972.2070.06612.5511895559753900.9890.0996.3
3.97-4.852.2040.03919.7710160477846100.9960.05296.5
4.85-6.832.1960.03820.517848368635740.9960.05197
6.83-19.92.1820.02331.564240207719430.9990.0393.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrystalClearデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BHW

4bhw


解像度: 2.3→19.9 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 27.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 2590 5.09 %
Rwork0.2122 48286 -
obs0.2141 50876 94.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.27 Å2 / Biso mean: 54.7465 Å2 / Biso min: 24.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6951 0 38 310 7299
Biso mean--42.41 46.94 -
残基数----876
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2649X-RAY DIFFRACTION4.437TORSIONAL
12B2649X-RAY DIFFRACTION4.437TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.340.32521150.33612223233880
2.34-2.390.36931380.32622402254093
2.39-2.440.36121350.3282543267894
2.44-2.490.34331320.29832537266994
2.49-2.550.31291160.3012493260994
2.55-2.610.33061490.29142594274394
2.61-2.680.31281450.27372498264395
2.68-2.760.32161390.27352562270195
2.76-2.850.30411150.26532565268095
2.85-2.950.25971550.24132548270395
2.95-3.070.2881370.23292533267095
3.07-3.210.26881470.22512612275996
3.21-3.370.26341140.22252582269696
3.37-3.580.26461520.20172569272196
3.58-3.860.22391340.18342594272896
3.86-4.240.20991440.17222620276497
4.24-4.850.1781500.15622596274697
4.85-6.080.21421410.17892605274697
6.08-19.90.21121320.16922610274296
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.1386 Å / Origin y: 3.4465 Å / Origin z: -5.2073 Å
111213212223313233
T0.2097 Å2-0.0042 Å2-0.0076 Å2-0.365 Å2-0.0077 Å2--0.3819 Å2
L0.0851 °20.2138 °2-0.2201 °2-0.7744 °2-0.6715 °2--1.1976 °2
S0.0001 Å °0.0616 Å °0.0268 Å °-0.0476 Å °0.1061 Å °-0.0507 Å °-0.0325 Å °-0.215 Å °-0.1134 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1162 - 1
2X-RAY DIFFRACTION1allB1162 - 13
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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