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- PDB-7ve3: Structure of the complex of sheep lactoperoxidase with hypoiodite... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ve3
タイトルStructure of the complex of sheep lactoperoxidase with hypoiodite at 2.70 A resolution
要素Lactoperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lactoperoxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


thiocyanate peroxidase activity / peroxidase / response to oxidative stress / defense response to bacterium / heme binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lactoperoxidase / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
hypoiodous acid / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IODIDE ION / Lactoperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Singh, P.K. / Yamini, S. / Singh, R.P. / Singh, A.K. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structural evidence of the oxidation of iodide ion into hyper-reactive hypoiodite ion by mammalian heme lactoperoxidase.
著者: Singh, P.K. / Ahmad, N. / Yamini, S. / Singh, R.P. / Singh, A.K. / Sharma, P. / Smith, M.L. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年9月22日ID: 3R5Q
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,23623
ポリマ－67,6961
非ポリマー3,53922
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.942, 80.179, 76.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Lactoperoxidase


分子量: 67696.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MZY2, peroxidase
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 177分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-61D / hypoiodous acid / 次亜よう素酸塩


分子量: 143.912 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: HIO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: Ammonium iodide, PEG 3350, pH6.8 / PH範囲: 5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月13日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→43.974 Å / Num. obs: 17167 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 46
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique obs: 1120 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IKC

2ikc


解像度: 2.7→43.974 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.273 / WRfactor Rwork: 0.196 / Average fsc free: 0.8624 / Average fsc work: 0.9061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.427
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 860 5.032 %
Rwork0.1947 16232 -
all0.199 --
obs-17092 97.635 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 68.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.164 Å20 Å2-0.001 Å2
2---0.284 Å20 Å2
3---0.406 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4806 0 62 157 5025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0124997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.6636786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3365596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15421.601281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.45915825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2081541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.22505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.23316
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1010.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2370.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9496.8582384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.83410.2762980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2346.862613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.65510.2213806
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.467124.1321699
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.7-2.770.35640.27711200.28112850.7870.83692.14010.226
2.77-2.8450.406650.25611500.26312650.7860.86596.04740.209
2.845-2.9270.376670.22611000.23411950.7930.88597.65690.187
2.927-3.0170.342580.23511210.2411920.8410.8898.90940.206
3.017-3.1150.364650.25610670.26311420.8420.85999.12430.218
3.115-3.2240.389510.24610450.25211050.8090.87899.18550.217
3.224-3.3450.28600.21610050.21910760.8680.90398.97770.199
3.345-3.4810.329560.2229580.22810210.8660.9199.31440.206
3.481-3.6350.327530.2149270.2199880.8710.91899.19030.207
3.635-3.8110.297500.1898890.1949520.890.92998.63450.188
3.811-4.0150.267370.1788440.1828970.9070.93598.21630.183
4.015-4.2570.207340.1737880.1758510.9290.93796.59220.177
4.257-4.5480.238410.1547440.1598100.9240.94796.91360.161
4.548-4.9080.263280.1427000.1467520.920.9696.80850.155
4.908-5.3690.2310.1786500.1797040.9420.94896.7330.194
5.369-5.9920.272250.2065910.2096260.890.92998.40260.229
5.992-6.8970.247250.2085420.215680.920.92599.82390.226
6.897-8.3960.161170.1554440.1554660.9680.96298.9270.176
8.396-11.6630.231230.143320.1463730.9550.97395.17430.163
11.663-43.9740.242100.2162150.2172340.9380.9596.15380.267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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