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Yorodumi- PDB-7up5: Crystal structure of C-terminal Domain of MSK1 in complex with co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7up5 | ||||||
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Title | Crystal structure of C-terminal Domain of MSK1 in complex with covalently bound pyrrolopyrimidine compound 23 (co-crystal) | ||||||
Components | Ribosomal protein S6 kinase alpha-5 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Msk1 / C-terminal domain / PROTEIN KINASE / PHOSPHORYLATION | ||||||
Function / homology | Function and homology information histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / histone H3S10 kinase activity / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / regulation of postsynapse organization / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 ...histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / histone H3S10 kinase activity / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / regulation of postsynapse organization / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / CD209 (DC-SIGN) signaling / post-translational protein modification / NCAM signaling for neurite out-growth / axon guidance / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / inflammatory response / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Yano, J.K. / Edwards, T.E. / Hall, A. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Acs Med.Chem.Lett. / Year: 2022 Title: Discovery and Characterization of a Novel Series of Chloropyrimidines as Covalent Inhibitors of the Kinase MSK1. Authors: Hall, A. / Abendroth, J. / Bolejack, M.J. / Ceska, T. / Dell'Aiera, S. / Ellis, V. / Fox 3rd, D. / Francois, C. / Muruthi, M.M. / Prevel, C. / Poullennec, K. / Romanov, S. / Valade, A. / ...Authors: Hall, A. / Abendroth, J. / Bolejack, M.J. / Ceska, T. / Dell'Aiera, S. / Ellis, V. / Fox 3rd, D. / Francois, C. / Muruthi, M.M. / Prevel, C. / Poullennec, K. / Romanov, S. / Valade, A. / Vanbellinghen, A. / Yano, J. / Geraerts, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7up5.cif.gz | 235 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7up5.ent.gz | 188 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7up5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7up5_validation.pdf.gz | 1006.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7up5_full_validation.pdf.gz | 1009.9 KB | Display | |
Data in XML | 7up5_validation.xml.gz | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7up5_validation.cif.gz | 28.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/7up5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/7up5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7up4C 7up6C 7up7C 7up8C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34668.809 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RPS6KA5, MSK1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O75582, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: The protein (10.1 mg/ml) was exchanged into 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM DTT using a GE (GE28-9180-04) spin column according to manufacturer's instructions. The protein ...Details: The protein (10.1 mg/ml) was exchanged into 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM DTT using a GE (GE28-9180-04) spin column according to manufacturer's instructions. The protein was then diluted to 0.5 mg/ml in the same buffer and incubated with 150 micromolar UCB170414/BSI108592 for an hour on ice (~10 fold)and concentrated back down to 5 mg/ml. Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume of the protein, Msk1-C terminal domain (PID7059-1, CID101276) and a crystallization buffer containing 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD: 30mM of each sodium fluoride/iodide/bromide: 100 mM Na HEPES/MOPS pH 8.5 (tray ID 303042, well B12, Morpheus). Crystals were directly vitrified in in liquid N2. Puck ID QRL9-2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.99999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99999 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 16319 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.495 % / Biso Wilson estimate: 44.306 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 13.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: in-house model Resolution: 2.8→48.145 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 151.41 Å2 / Biso mean: 50.6763 Å2 / Biso min: 12.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→48.145 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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