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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ueq | ||||||
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タイトル | PANK3 complex structure with compound PZ-4061 | ||||||
要素 | Pantothenate kinase 3 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PANK / Transferase / Inhibitor / Activator / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Coenzyme A biosynthesis / vitamin binding / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | White, S.W. / Yun, M. / Lee, R.E. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Discovery of hPANK Activators with Improved Pharmacological Properties 著者: Tangallapally, R. / Edwards, A. / Subramanian, C. / Sharma, L.K. / Yun, M. / White, S.W. / Jackowski, S. / Rock, C.O. / Lee, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ueq.cif.gz | 190.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ueq.ent.gz | 122.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ueq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ueq_validation.pdf.gz | 959.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ueq_full_validation.pdf.gz | 960.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ueq_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ueq_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/7ueq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/7ueq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ue3C 7ue4C 7ue5C 7ue6C 7ue7C 7ueoC 7uepC 7uerC 7uesC 7uetC 7ueuC 7uevC 7uexC 7ueyC 6b3vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42125.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANK3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H999, pantothenate kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ANP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-N06 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, ammonium acetate, citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 42082 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.78 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 36.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2607 / CC1/2: 0.904 / CC star: 0.974 / Rpim(I) all: 0.263 / Rrim(I) all: 0.695 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 6B3V 解像度: 1.7→42.36 Å / SU ML: 0.1677 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.423 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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