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- PDB-7tux: Crystal Structure of Plasmodium falciparum Hypoxanthine-Guanine-X... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tux
タイトルCrystal Structure of Plasmodium falciparum Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferase in complex with [(3S)-4-Hydroxy-3-[({2-amino-4-hydroxy-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl}methyl)amino]butyl]phosphonic acid
要素Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / inhibitors / drug design / transferase-inhibitor complex / Malaria / transition state analogs / transferase / Plasmodium falciparum / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage ...xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / PYROPHOSPHATE 2- / Chem-YBM / Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Harijan, R.K. / Minnow, Y.V.T. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI127807 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Inhibition and Mechanism of Plasmodium falciparum Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferase.
著者: V T Minnow, Y. / Suthagar, K. / Clinch, K. / Ducati, R.G. / Ghosh, A. / Buckler, J.N. / Harijan, R.K. / Cahill, S.M. / Tyler, P.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,36458
ポリマ－113,6434
非ポリマー4,72154
水13,890771
1
A: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,56114
ポリマ－28,4111
非ポリマー1,15013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,74717
ポリマ－28,4111
非ポリマー1,33616
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,68316
ポリマ－28,4111
非ポリマー1,27215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,37311
ポリマ－28,4111
非ポリマー96210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.437, 111.199, 173.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETAA1 - 22820 - 247
21METMETBB1 - 22820 - 247
12METMETAA1 - 22820 - 247
22METMETCC1 - 22820 - 247
13METMETAA1 - 22820 - 247
23METMETDD1 - 22820 - 247
14METMETBB1 - 22820 - 247
24METMETCC1 - 22820 - 247
15HISHISBB0 - 22819 - 247
25HISHISDD0 - 22819 - 247
16METMETCC1 - 22820 - 247
26METMETDD1 - 22820 - 247

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase / HGPRT / HGXPRT / HGXPRTase


分子量: 28410.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: LACZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20035, xanthine phosphoribosyltransferase, hypoxanthine phosphoribosyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 825分子

#2: 化合物
ChemComp-YBM / [(3S)-3-{[(2-amino-4-hydroxy-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]amino}-4-hydroxybutyl]phosphonic acid


分子量: 331.265 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM Lithium Acetate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→173.65 Å / Num. obs: 128959 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6298 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OZF

3ozf


解像度: 1.62→57.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.413 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1947 6509 5 %RANDOM
Rwork0.1696 ---
obs0.1708 122388 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.06 Å2 / Biso mean: 25.517 Å2 / Biso min: 14.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.18 Å20 Å20 Å2
2---1.55 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→57.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7405 0 296 771 8472
Biso mean--33.9 37.36 -
残基数----922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0138062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.66910877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2781.59117566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7635972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.90223.522372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.068151384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0971524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021657
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A75580.07
12B75580.07
21A75550.07
22C75550.07
31A76110.07
32D76110.07
41B75020.08
42C75020.08
51B75290.08
52D75290.08
61C75190.06
62D75190.06
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 484 -
Rwork0.3 8968 -
all-9452 -
obs--99.77 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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