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- PDB-7tun: Crystal structure analysis of human CKB complex with a covalent c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tun
タイトルCrystal structure analysis of human CKB complex with a covalent compound
要素Creatine kinase B-type
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / creatine kinase / ATP-binding / covalent inhibitor / cycteine modification / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


futile creatine cycle / creatine kinase / Creatine metabolism / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / RND3 GTPase cycle / substantia nigra development / phosphorylation / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion ...futile creatine cycle / creatine kinase / Creatine metabolism / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / RND3 GTPase cycle / substantia nigra development / phosphorylation / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KLU / Creatine kinase B-type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of human CKB complex with a covalent compound
著者: Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Creatine kinase B-type
B: Creatine kinase B-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4574
ポリマ－89,9472
非ポリマー5092
水1267
1
A: Creatine kinase B-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2282
ポリマ－44,9741
非ポリマー2551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Creatine kinase B-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2282
ポリマ－44,9741
非ポリマー2551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.240, 101.240, 160.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Creatine kinase B-type / Brain creatine kinase / B-CK / Creatine kinase B chain / Creatine phosphokinase B-type / CPK-B


分子量: 44973.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKB, CKBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12277, creatine kinase
#2: 化合物 ChemComp-KLU / (2S)-4-(chloroacetyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-2-carboxamide


分子量: 254.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11ClN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.7M Ammonium citrate, pH 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→85.68 Å / Num. obs: 18694 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 75.03 Å2 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.299 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 242855
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all
2.93-2.9813.71.1127399320.7042.618
7.95-85.7211.128.21181010670.020.07

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
xia23.5.0データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DRE

3dre


解像度: 2.93→71.59 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2638 876 4.71 %
Rwork0.2047 17729 -
obs0.2074 18605 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.9 Å2 / Biso mean: 80.7713 Å2 / Biso min: 47.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.93→71.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5671 0 54 7 5732
Biso mean--81.64 59.43 -
残基数----740
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.93-3.110.40091450.318928853030
3.11-3.350.36141420.252328853027
3.35-3.690.25011450.222629023047
3.69-4.230.2741440.188829543098
4.23-5.320.25151530.17229563109
5.32-71.590.221470.196931473294
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5642-0.1113-0.40161.2092-0.50440.6224-0.01850.59320.0319-0.35770.1070.083-0.61410.0096-00.7107-0.03880.01560.7559-0.09340.763418.064135.55194.6533
21.5187-0.2058-0.40240.9387-0.00711.83-0.0968-0.0376-0.2522-0.11680.0745-0.09640.261-0.0764-0.00030.5857-0.01390.04220.6615-0.00010.6355.805419.320718.5655
32.4521-0.44790.23540.4849-0.27781.7186-0.0596-0.0556-0.00470.03150.0443-0.035-0.1774-0.16380.00040.67420.00860.03810.5921-0.00810.608-2.827817.424222.9563
41.2925-0.128-0.91340.71650.48231.396-0.1285-0.60670.16440.17780.0444-0.0776-0.11350.1744-0.00060.62020.07030.0220.88150.01340.671913.182621.341541.159
53.21930.78740.78273.0962-1.12971.96950.04870.02050.0533-0.23040.0773-0.14270.07340.03130.00050.7598-0.1402-0.00420.92510.00850.6332-11.275934.2262-1.4617
62.2625-0.64740.50971.4177-0.0740.7562-0.2503-0.25750.4895-0.08510.21210.0173-0.4519-0.1731-00.94820.0160.01280.86930.0020.81181.263359.2031.7114
70.49770.59180.04741.6865-0.21970.3385-0.4099-0.15510.1882-0.26110.2030.3808-0.501-0.1613-0.00140.93860.1198-0.0881.177-0.08170.747-10.35857.7060.0413
80.39010.5457-0.3050.8807-0.3450.2748-0.6166-0.20530.19260.1462-0.07950.39-0.3868-0.28110.00011.10830.2426-0.2231.05650.04570.937-21.94566.51965.7072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 42 )A5 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 180 )A43 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 181 through 286 )A181 - 286
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 287 through 381 )A287 - 381
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 96 )B5 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 97 through 267 )B97 - 267
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 268 through 307 )B268 - 307
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 308 through 381 )B308 - 381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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