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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tsp | ||||||
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タイトル | Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 6-(3-(4,4-difluoropiperidin-1-yl)prop-1-yn-1-yl)-4-methylpyridin-2-amine | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, endothelial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / nitric oxide synthase inhibitor / heme enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / ovulation from ovarian follicle / response to fluid shear stress / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development ...regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / ovulation from ovarian follicle / response to fluid shear stress / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of guanylate cyclase activity / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / aortic valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / ventricular septum morphogenesis / cadmium ion binding / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / actin monomer binding / negative regulation of platelet activation / blood vessel remodeling / endothelial cell migration / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / eNOS activation / arginine catabolic process / regulation of sodium ion transport / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / homeostasis of number of cells within a tissue / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / removal of superoxide radicals / blood vessel diameter maintenance / cell redox homeostasis / VEGFR2 mediated vascular permeability / mitochondrion organization / establishment of localization in cell / lung development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / potassium ion transport / caveola / regulation of blood pressure / vasodilation / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / endocytic vesicle membrane / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to heat / scaffold protein binding / angiogenesis / in utero embryonic development / response to lipopolysaccharide / Extra-nuclear estrogen signaling / cytoskeleton / calmodulin binding / negative regulation of cell population proliferation / Golgi membrane / heme binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: 2-Aminopyridines with a shortened amino sidechain as potent, selective, and highly permeable human neuronal nitric oxide synthase inhibitors. 著者: Vasu, D. / Li, H. / Hardy, C.D. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tsp.cif.gz | 675.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tsp.ent.gz | 562 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tsp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tsp_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tsp_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tsp_validation.xml.gz | 69.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tsp_validation.cif.gz | 91.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/7tsp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/7tsp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ts1C 7ts2C 7ts3C 7ts4C 7ts5C 7ts6C 7ts7C 7ts8C 7ts9C 7tsaC 7tsbC 7tscC 7tsdC 7tseC 7tsfC 7tsgC 7tshC 7tsiC 7tskC 7tslC 7tsmC 7tsnC 7tsoC 7uamC 7uanC 7uaoC 7us7C 7us8C 5uo8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 49345.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: endothelial / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29474, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 9種, 491分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-H4B / #4: 化合物 | ChemComp-K8O / #5: 化合物 | ChemComp-BTB / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 化合物 | ChemComp-GD / #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: rods |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10-12% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS 0.2-0.3M MG ACETATE, 0.1M GdCl3 10% glycerol, 5 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→39.0198 Å / Num. obs: 128437 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 36.07 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 3.703 / Num. measured all: 26796 / Num. unique obs: 6232 / CC1/2: 0.344 / Rpim(I) all: 2.017 / Rrim(I) all: 4.241 / Net I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5UO8 解像度: 2→39.0198 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.64 / 位相誤差: 33.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.35 Å2 / Biso mean: 58.8295 Å2 / Biso min: 20.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→39.0198 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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