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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tsa | ||||||
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タイトル | Structure of rat neuronal nitric oxide synthase R349A/H692F mutant heme domain in complex with 4-methyl-6-(3-((methylamino)methyl)phenyl)pyridin-2-amine | ||||||
![]() | Nitric oxide synthase, brain | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / nitric oxide synthase inhibitor / heme enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / azurophil granule / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / azurophil granule / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / response to nitric oxide / nitric oxide metabolic process / postsynaptic specialization, intracellular component / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ion homeostasis / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / calyx of Held / negative regulation of potassium ion transport / behavioral response to cocaine / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of serotonin uptake / regulation of neurogenesis / nitric-oxide synthase (NADPH) / response to vitamin E / sodium channel regulator activity / regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density, intracellular component / negative regulation of insulin secretion / nitric oxide mediated signal transduction / multicellular organismal response to stress / nitric-oxide synthase activity / xenobiotic catabolic process / NADPH binding / arginine catabolic process / striated muscle contraction / regulation of sodium ion transport / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / T-tubule / : / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to epinephrine stimulus / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / photoreceptor inner segment / response to nutrient levels / response to hormone / secretory granule / response to activity / sarcoplasmic reticulum / positive regulation of long-term synaptic potentiation / muscle contraction / cell periphery / establishment of localization in cell / female pregnancy / phosphoprotein binding / response to lead ion / response to nicotine / potassium ion transport / establishment of protein localization / response to organic cyclic compound / sarcolemma / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / Z disc / cellular response to mechanical stimulus / response to estrogen / vasodilation / calcium ion transport / calcium-dependent protein binding / FMN binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / ATPase binding / response to heat / scaffold protein binding / nuclear membrane / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / calmodulin binding / response to hypoxia / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / heme binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: 2-Aminopyridines with a shortened amino sidechain as potent, selective, and highly permeable human neuronal nitric oxide synthase inhibitors. 著者: Vasu, D. / Li, H. / Hardy, C.D. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ts1C ![]() 7ts2C ![]() 7ts3C ![]() 7ts4C ![]() 7ts5C ![]() 7ts6C ![]() 7ts7C ![]() 7ts8C ![]() 7ts9C ![]() 7tsbC ![]() 7tscC ![]() 7tsdC ![]() 7tseC ![]() 7tsfC ![]() 7tsgC ![]() 7tshC ![]() 7tsiC ![]() 7tskC ![]() 7tslC ![]() 7tsmC ![]() 7tsnC ![]() 7tsoC ![]() 7tspC ![]() 7uamC ![]() 7uanC ![]() 7uaoC ![]() 7us7C ![]() 7us8C ![]() 1om4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48735.438 Da / 分子数: 1 / 変異: R349A, H692F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 35分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/KMI.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/KMI.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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#3: 化合物 | ChemComp-H4B / |
#4: 化合物 | ChemComp-KMI / |
#5: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 % / 解説: bricks |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 20-24% PEG3350, 0.1M MES 0.14-0.20M AMMONIUM ACETATE, 10% ETHYLENE GLYCOL, 30uM SDS, 5 mM GSH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月10日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9845 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.03→46.8566 Å / Num. obs: 29446 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 45.77 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 5.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1OM4 解像度: 2.03→46.8566 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 44.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 183.46 Å2 / Biso mean: 85.3032 Å2 / Biso min: 33.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.03→46.8566 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -23.4533 Å / Origin y: -4.9805 Å / Origin z: 22.2786 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain A and resid 299:716) |