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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tq8 | ||||||
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タイトル | Structure of MERS 3CL protease in complex with the cyclopropane based inhibitor 14d | ||||||
要素 | Orf1a protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / MERS 3CL protease Inhhibitors / hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity ...host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Nguyen, H.N. / Chamandi, S.D. / Picard, H.R. / Madden, T.K. / Thruman, H.A. / Kim, Y. / Groutas, W.C. / Chang, K.O. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2023 タイトル: Broad-Spectrum Cyclopropane-Based Inhibitors of Coronavirus 3C-like Proteases: Biochemical, Structural, and Virological Studies. 著者: Dampalla, C.S. / Nguyen, H.N. / Rathnayake, A.D. / Kim, Y. / Perera, K.D. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Machen, A.J. / Kashipathy, M.M. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tq8.cif.gz | 81.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tq8.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tq8_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tq8_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tq8_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tq8_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tq8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tq2C 7tq3C 7tq4C 7tq5C 7tq6C 7tq7C 8cztC 8czuC 8czvC 8czwC 8czxC 8dgyC 5wkkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34314.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) 遺伝子: orf1a / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1L2E0X0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-IRK / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-IUB / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Tris, 200 mM Lithium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→49.01 Å / Num. obs: 31177 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 21.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Num. unique obs: 1431 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WKK 解像度: 1.65→46.05 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 20.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.05 Å
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LS精密化 シェル |
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