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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tj0 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor SL-4-241 | ||||||||||||||||||||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / methylation / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Liu, H. / Iketani, S. / Zack, A. / Khanizeman, N. / Bednarova, E. / Fowler, B. / Hong, S.J. / Mohri, H. / Nair, M.S. ...Forouhar, F. / Liu, H. / Iketani, S. / Zack, A. / Khanizeman, N. / Bednarova, E. / Fowler, B. / Hong, S.J. / Mohri, H. / Nair, M.S. / Huang, Y. / Tay, N.E.S. / Lee, S. / Karan, C. / Resnick, S.J. / Quinn, C. / Li, W. / Shion, H. / Jurtschenko, C. / Lauber, M.A. / McDonald, T. / Stokes, M. / Hurst, B. / Rovis, T. / Chavez, A. / Ho, D.D. / Stockwell, B.R. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Development of optimized drug-like small molecule inhibitors of the SARS-CoV-2 3CL protease for treatment of COVID-19. 著者: Liu, H. / Iketani, S. / Zask, A. / Khanizeman, N. / Bednarova, E. / Forouhar, F. / Fowler, B. / Hong, S.J. / Mohri, H. / Nair, M.S. / Huang, Y. / Tay, N.E.S. / Lee, S. / Karan, C. / Resnick, ...著者: Liu, H. / Iketani, S. / Zask, A. / Khanizeman, N. / Bednarova, E. / Forouhar, F. / Fowler, B. / Hong, S.J. / Mohri, H. / Nair, M.S. / Huang, Y. / Tay, N.E.S. / Lee, S. / Karan, C. / Resnick, S.J. / Quinn, C. / Li, W. / Shion, H. / Xia, X. / Daniels, J.D. / Bartolo-Cruz, M. / Farina, M. / Rajbhandari, P. / Jurtschenko, C. / Lauber, M.A. / McDonald, T. / Stokes, M.E. / Hurst, B.L. / Rovis, T. / Chavez, A. / Ho, D.D. / Stockwell, B.R. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tj0.cif.gz | 140.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tj0.ent.gz | 106.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tj0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/7tj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/7tj0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7tiaC 7tiuC 7tivC 7tiwC 7tixC 7tiyC 7tizC 7jsuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC1, SARS coronavirus main proteinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-S4L / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5, and 20% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→59.15 Å / Num. obs: 26833 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 2.053 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1526 / CC1/2: 0.257 / % possible all: 79.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7JSU 解像度: 2.17→48.76 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 131.95 Å2 / Biso mean: 51.3003 Å2 / Biso min: 21.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.17→48.76 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -5.3365 Å / Origin y: -0.7337 Å / Origin z: 12.2463 Å
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精密化 TLSグループ |
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