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- PDB-7ted: Human Ornithine Aminotransferase cocrystallized with its inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ted
タイトルHuman Ornithine Aminotransferase cocrystallized with its inhibitor, (S,E)-3-amino-4-(fluoromethylene)cyclopent-1-ene-1-carboxylate
要素Ornithine aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE/Inhibitor / Human Ornithine Aminotransferase / hOAT / OAT / mechanism-based inhibitor / MBI / irreversible inhibitor / inactivator / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-arginine catabolic process to L-glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...L-arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-arginine catabolic process to L-glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I1T / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Ornithine aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Butrin, A. / Zhu, W. / Silverman, R. / Liu, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R01CA260250-01 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01DA030604 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Rational Design, Synthesis, and Mechanism of (3 S ,4 R )-3-Amino-4-(difluoromethyl)cyclopent-1-ene-1-carboxylic Acid: Employing a Second-Deprotonation Strategy for Selectivity of Human ...タイトル: Rational Design, Synthesis, and Mechanism of (3 S ,4 R )-3-Amino-4-(difluoromethyl)cyclopent-1-ene-1-carboxylic Acid: Employing a Second-Deprotonation Strategy for Selectivity of Human Ornithine Aminotransferase over GABA Aminotransferase.
著者: Zhu, W. / Butrin, A. / Melani, R.D. / Doubleday, P.F. / Ferreira, G.M. / Tavares, M.T. / Habeeb Mohammad, T.S. / Beaupre, B.A. / Kelleher, N.L. / Moran, G.R. / Liu, D. / Silverman, R.B.
履歴
登録2022年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
D: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
E: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
F: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
G: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
H: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
I: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,09718
ポリマ－403,7439
非ポリマー3,3549
水6,035335
1
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4974
ポリマ－89,7212
非ポリマー7772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10650 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
2
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
I: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3564
ポリマ－89,7212
非ポリマー6352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11240 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
3
D: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

E: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4974
ポリマ－89,7212
非ポリマー7772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_446-x-1/2,y-1/2,-z+11
Buried area10590 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
4
F: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

F: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4974
ポリマ－89,7212
非ポリマー7772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10630 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA
5
G: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

H: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4974
ポリマ－89,7212
非ポリマー7772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1/2,y+1/2,-z1
Buried area10760 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.110, 115.430, 185.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-609-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ornithine aminotransferase, mitochondrial / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase


分子量: 44860.320 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物
ChemComp-I1T / (1S,3R,4S)-3-formyl-4-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)amino]cyclopentane-1-carboxylic acid


分子量: 388.310 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: After purification, OAT was buffer exchanged into the crystallization buffer (50 mM Tricine pH 7.8) supplied supplemented with 1 mM 2-ketoglutarate. The protein was concentrated to 6.5 mg/mL. ...詳細: After purification, OAT was buffer exchanged into the crystallization buffer (50 mM Tricine pH 7.8) supplied supplemented with 1 mM 2-ketoglutarate. The protein was concentrated to 6.5 mg/mL. Previously reported crystallization conditions were optimized using the hanging drop vapor diffusion method by varying PEG 6000 (8-12%), NaCl (100-250 mM), and glycerol (0%-10%) with 100 mM Tricine pH 7.8 was being kept constant as the buffer. For each hanging drop, 2 uL of protein solution was mixed with an equal volume of well solution and 0.5 uL of ligand. The crystals with the best morphology and size grew in a final condition containing 12% PEG 6000, 200 mM NaCl, 10% glycerol, and 100 mM Tricine pH 7.8. Crystals were transferred to a cryo-protectant solution (well solution supplemented with 30% glycerol) and flash-frozen in liquid nitrogen

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→43.73 Å / Num. obs: 123624 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 46.48 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.63→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 9062 / CC1/2: 0.294

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OAT

1oat


解像度: 2.63→43.4 Å / SU ML: 0.4167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.5568
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 6092 4.93 %
Rwork0.2812 117514 -
obs0.2815 123606 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→43.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28449 0 224 335 29008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01129347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.549839890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09534392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00615129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.043710846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.660.35582150.34363815X-RAY DIFFRACTION98.51
2.66-2.690.34281780.34153945X-RAY DIFFRACTION98.52
2.69-2.720.3722060.343848X-RAY DIFFRACTION98.42
2.72-2.760.3221890.34513934X-RAY DIFFRACTION98.66
2.76-2.790.3441710.34143885X-RAY DIFFRACTION98.69
2.79-2.830.3511960.33583886X-RAY DIFFRACTION98.27
2.83-2.870.33992080.33273848X-RAY DIFFRACTION96.55
2.87-2.920.30331820.33743722X-RAY DIFFRACTION95.24
2.92-2.960.34642170.32053928X-RAY DIFFRACTION98.29
2.96-3.010.32912030.31923872X-RAY DIFFRACTION99.76
3.01-3.060.34022060.31213958X-RAY DIFFRACTION99.78
3.06-3.120.29171800.30814008X-RAY DIFFRACTION99.71
3.12-3.180.31242040.30443927X-RAY DIFFRACTION99.81
3.18-3.240.31932140.30863895X-RAY DIFFRACTION99.68
3.24-3.310.32011950.3024008X-RAY DIFFRACTION99.69
3.31-3.390.3322030.30993958X-RAY DIFFRACTION99.76
3.39-3.480.31271940.29613935X-RAY DIFFRACTION99.78
3.48-3.570.29422270.28073917X-RAY DIFFRACTION99.57
3.57-3.670.27072130.27573915X-RAY DIFFRACTION99.66
3.67-3.790.25962010.27713942X-RAY DIFFRACTION99.64
3.79-3.930.24552070.27823966X-RAY DIFFRACTION99.69
3.93-4.090.29031940.27343950X-RAY DIFFRACTION99.42
4.09-4.270.25772120.26553966X-RAY DIFFRACTION99.19
4.27-4.50.2692080.26323885X-RAY DIFFRACTION98.86
4.5-4.780.26822420.25723912X-RAY DIFFRACTION98.51
4.78-5.150.27141860.26023859X-RAY DIFFRACTION97.21
5.15-5.660.2741880.25823783X-RAY DIFFRACTION94.68
5.66-6.480.26312570.27213955X-RAY DIFFRACTION99.76
6.48-8.150.27072380.2383987X-RAY DIFFRACTION99.93
8.16-43.40.24441580.2294105X-RAY DIFFRACTION98.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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