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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7taa | ||||||
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タイトル | FAMILY 13 ALPHA AMYLASE IN COMPLEX WITH ACARBOSE | ||||||
要素 | TAKA AMYLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE / TAKA / AMYLASE / ACARBOSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell wall-bounded periplasmic space / hyphal septin band / spitzenkorper / fungal-type cell wall / alpha-amylase / cell septum / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus oryzae (米麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / NATIVE STRUCTURE / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Davies, G.J. / Brzozowski, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Structure of the Aspergillus oryzae alpha-amylase complexed with the inhibitor acarbose at 2.0 A resolution. 著者: Brzozowski, A.M. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7taa.cif.gz | 111.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7taa.ent.gz | 91 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7taa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7taa_validation.pdf.gz | 774.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7taa_full_validation.pdf.gz | 782.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7taa_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7taa_validation.cif.gz | 36.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7taa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7taa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52525.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus oryzae (米麹菌) 参照: UniProt: P10529, UniProt: P0C1B3*PLUS, alpha-amylase |
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#2: 糖 | ChemComp-ABC / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% MM PEG 5000, 5MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES BUFFER, PH 7.5. METHOD: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. THE NATIVE CRYSTALS WERE SOAKED FOR 6 HOURS IN STABILIZING SOLUTION CONTAINING 15 MM ...詳細: 18% MM PEG 5000, 5MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES BUFFER, PH 7.5. METHOD: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. THE NATIVE CRYSTALS WERE SOAKED FOR 6 HOURS IN STABILIZING SOLUTION CONTAINING 15 MM OF ACARBOSE., vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995 / 詳細: LONG MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→20 Å / Num. obs: 63935 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 94.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 31062 / Num. measured all: 113411 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: NATIVE STRUCTURE / 解像度: 1.98→20 Å / 交差検証法: FREE R
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |