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万見
- PDB-7taa: FAMILY 13 ALPHA AMYLASE IN COMPLEX WITH ACARBOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7taa
タイトルFAMILY 13 ALPHA AMYLASE IN COMPLEX WITH ACARBOSE
要素TAKA AMYLASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE / TAKA / AMYLASE / ACARBOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall-bounded periplasmic space / hyphal septin band / spitzenkorper / fungal-type cell wall / alpha-amylase / cell septum / alpha-amylase activity / carbohydrate catabolic process / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase-like / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases ...Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase-like / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MODIFIED ACARBOSE HEXASACCHARIDE / Alpha-amylase A type-1/2 / Alpha-amylase A type-3
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / NATIVE STRUCTURE / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Davies, G.J. / Brzozowski, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structure of the Aspergillus oryzae alpha-amylase complexed with the inhibitor acarbose at 2.0 A resolution.
著者: Brzozowski, A.M. / Davies, G.J.
履歴
登録1997年10月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAKA AMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5043
ポリマ－52,5261
非ポリマー9782
水8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.040, 67.183, 133.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TAKA AMYLASE


分子量: 52525.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: P10529, UniProt: P0C1B3*PLUS, alpha-amylase
#2: 糖 ChemComp-ABC / MODIFIED ACARBOSE HEXASACCHARIDE


タイプ: saccharide / 分子量: 937.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C37H63NO26
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% MM PEG 5000, 5MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES BUFFER, PH 7.5. METHOD: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. THE NATIVE CRYSTALS WERE SOAKED FOR 6 HOURS IN STABILIZING SOLUTION CONTAINING 15 MM ...詳細: 18% MM PEG 5000, 5MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES BUFFER, PH 7.5. METHOD: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. THE NATIVE CRYSTALS WERE SOAKED FOR 6 HOURS IN STABILIZING SOLUTION CONTAINING 15 MM OF ACARBOSE., vapor diffusion - hanging drop
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.1 MHEPES-HCl1reservoir
25 mM1reservoirCaCl2
316-18 %(w/v)mPEG5000 MW1reservoir
410 mMTris-HCl1drop
55 mM1dropCaCl2
630 mg/mlenzyme1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995 / 詳細: LONG MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→20 Å / Num. obs: 63935 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 94.2
反射
*PLUS
Num. obs: 31062 / Num. measured all: 113411
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
Agrovata(CCP4)データ削減
REFMAC精密化
Agrovataデータスケーリング
精密化構造決定の手法: NATIVE STRUCTURE / 解像度: 1.98→20 Å / 交差検証法: FREE R
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1553 5 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs-31015 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3688 0 66 465 4219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.2664
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.9416
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.1836
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.4238
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1360.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1760.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1840.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.320
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor34.925
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 -5 %
Rwork0.194 3063 -
obs--94.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.159
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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