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- PDB-7t7l: Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with covalen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t7l
タイトルStructure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with covalent inhibitor (Compound 1)
要素Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
キーワードGENE REGULATION / G9a / Covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K56 methyltransferase activity / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly ...histone H3K56 methyltransferase activity / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly / oocyte development / C2H2 zinc finger domain binding / protein-lysine N-methyltransferase activity / fertilization / cellular response to cocaine / organ growth / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / Transcriptional Regulation by E2F6 / regulation of DNA replication / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Transcriptional Regulation by VENTX / spermatid development / behavioral response to cocaine / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / cellular response to starvation / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation / promoter-specific chromatin binding / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / nuclear speck / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2 / : / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2, Cys-rich region / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain ...Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2 / : / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2, Cys-rich region / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G4R / Chem-G5U / S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Park, K.-S. / Kumar, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01HD088626 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of the First-in-Class G9a/GLP Covalent Inhibitors.
著者: Park, K.S. / Xiong, Y. / Yim, H. / Velez, J. / Babault, N. / Kumar, P. / Liu, J. / Jin, J.
履歴
登録2021年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
C: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
D: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,05328
ポリマ－130,4204
非ポリマー4,63324
水6,215345
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
C: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,52514
ポリマ－65,2102
非ポリマー2,31512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
D: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,52714
ポリマ－65,2102
非ポリマー2,31712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.821, 72.303, 85.029
Angle α, β, γ (deg.)71.150, 86.170, 89.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Lysine N-methyltransferase 1C / Protein G9a


分子量: 32604.924 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 913-1193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT2, BAT8, C6orf30, G9A, KMT1C, NG36 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96KQ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, histone-lysine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 369分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-G5U / N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)propanamide


分子量: 498.661 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H42N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-G4R / N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)prop-2-enamide


分子量: 496.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H40N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2% v/v 1,4-Dioxane, 10% w/v Polyethylene glycol 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.959→80.299 Å / Num. all: 63720 / Num. obs: 63720 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.089 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 8.3 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 152076
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.322.40.4161.82221292130.3550.550.4162.497.4
2.32-2.462.40.2992.62115087730.2550.3950.2993.297.6
2.46-2.632.40.2033.81991582670.1740.2690.2034.297.9
2.63-2.842.40.1256.11851977300.1080.1660.125698.2
2.84-3.112.40.0818.81691370770.070.1080.0818.598.4
3.11-3.482.40.05112.81523664050.0440.0670.05112.698.7
3.48-4.022.30.0414.31344957290.0350.0540.0416.398.9
4.02-4.922.30.0412.71113647830.0360.0550.0418.999
4.92-6.962.40.03813.9878337330.0330.050.03818.899.1
6.96-68.4252.40.03814.3476320100.0330.0510.03820.297.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TTF

5ttf


解像度: 2.2→68.425 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 3096 4.86 %
Rwork0.2043 60551 -
obs0.2065 63647 98.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.72 Å2 / Biso mean: 44.2625 Å2 / Biso min: 21.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→68.425 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8565 0 267 345 9177
Biso mean--46 39.9 -
残基数----1065
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.23440.34471520.3094270897
2.2344-2.2710.39471390.2923274697
2.271-2.31020.33241420.287271898
2.3102-2.35220.33511420.283273297
2.3522-2.39750.34031540.27271798
2.3975-2.44640.33881460.261272497
2.4464-2.49960.3071260.2474279598
2.4996-2.55770.3291420.2524267398
2.5577-2.62170.2861510.236274798
2.6217-2.69260.24511410.2382277398
2.6926-2.77180.32441290.2393276398
2.7718-2.86130.33381390.2247277698
2.8613-2.96360.22951100.2227276598
2.9636-3.08220.28281530.2206276499
3.0822-3.22250.26841360.2148274199
3.2225-3.39240.2231520.2133279499
3.3924-3.60490.2351320.2042275699
3.6049-3.88320.23521510.1839276199
3.8832-4.2740.20661400.1645278999
4.274-4.89230.20751380.1527278799
4.8923-6.16310.18451570.1574277299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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