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万見
- PDB-7t4w: Crystal Structure of cGMP-dependent Protein Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t4w
タイトルCrystal Structure of cGMP-dependent Protein Kinase
要素cGMP-dependent protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / CYCLIC NUCLEOTIDE BINDING DOMAINS / CYCLIC NUCLEOTIDE PROTEIN KINASE / PKG / CGMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm / relaxation of vascular associated smooth muscle ...negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm / relaxation of vascular associated smooth muscle / Rap1 signalling / regulation of GTPase activity / : / mitogen-activated protein kinase p38 binding / cGMP effects / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / forebrain development / dendrite development / cGMP binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / spermatid development / acrosomal vesicle / cerebellum development / calcium channel regulator activity / sarcolemma / neuron migration / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / actin cytoskeleton organization / Ca2+ pathway / protein phosphorylation / protein kinase activity / protein serine kinase activity / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent protein kinase, N-terminal coiled-coil domain / Coiled-coil N-terminus of cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...cGMP-dependent protein kinase, N-terminal coiled-coil domain / Coiled-coil N-terminus of cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Jelly Rolls / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EZJ / cGMP-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Zebisch, M. / Silvestre, L. / Fischmann, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Selective small molecule activation of PKG1alpha: structure and function
著者: Metwally, E. / Mak, V. / Sylvestre, H.L. / McEwan, P. / Baker, J.J. / Rose, Y. / Patel, A. / Lim, Y.-H. / Healy, D. / Hanisak, J. / Ermakov, G. / Beaumont, M. / Cheng, A.C. / Greshock, T. / Fischmann, T.O.
履歴
登録2021年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent protein kinase 1
B: cGMP-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4186
ポリマ－106,3542
非ポリマー1,0644
水2,540141
1
A: cGMP-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7093
ポリマ－53,1771
非ポリマー5322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cGMP-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7093
ポリマ－53,1771
非ポリマー5322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.000, 102.621, 104.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cGMP-dependent protein kinase 1 / cGK 1 / cGK1 / cGMP-dependent protein kinase I / cGKI


分子量: 53177.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKG1, PRKG1B, PRKGR1A, PRKGR1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13976, cGMP-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EZJ / (2R)-2-({(2S,3S)-1-[(1H-benzimidazol-2-yl)methyl]-2-phenylpiperidin-3-yl}oxy)-2-(3,5-dichlorophenyl)ethan-1-ol


分子量: 496.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27Cl2N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M SPG pH 4.0 25% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→93 Å / Num. obs: 28165 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.23→2.581 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1488 / Rpim(I) all: 0.377 / % possible all: 52.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.23→73.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.807 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.367
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1361 4.83 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.207 28165 57.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 120.02 Å2 / Biso mean: 36.09 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3637 Å20 Å20 Å2
2--5.4857 Å20 Å2
3----6.8493 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→73.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7468 0 211 0 7679
Biso mean--30.46 --
残基数----934
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3317SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2430HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15135HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion985SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16082SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d15135HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg27383HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.57
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 36 6.38 %
Rwork0.2067 528 -
all0.2094 564 -
obs--5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22370.3532-0.18590.4574-0.34640.2834-0.02740.0315-0.01-0.11170.01860.08830.05960.04030.0088-0.00030.0182-0.010.0909-0.0123-0.16572.35240.559-7.1508
20.1985-0.3233-0.31070.35610.34060.47570.0130.01890.0541-0.053-0.0152-0.05020.0562-0.06210.00220.0106-0.04650.00040.07220.0214-0.163224.59720.874918.1065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A220 - 9902
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B220 - 9902

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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